Buenas prácticas en bioinformática

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.center-column[
# Buenas prácticas en bioinformática
### ⚔<br/>Aspectos generales

####Evelia Coss 
#### 01/6/2024
]

.left[.footnote[R-Ladies Theme[R-Ladies Theme](https://www.apreshill.com/project/rladies-xaringan/)]]

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background-image: url(data:image/png;base64,#figures/Rladies_logo.png) 
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# Sobre mi
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.left-col[

### <svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 448 512" style="height:1em;width:0.88em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#181818;overflow:visible;position:relative;"><path d="M416 0c17.7 0 32 14.3 32 32c0 59.8-30.3 107.5-69.4 146.6c-28 28-62.5 53.5-97.3 77.4l-2.5 1.7c-11.9 8.1-23.8 16.1-35.5 23.9l0 0 0 0 0 0-1.6 1c-6 4-11.9 7.9-17.8 11.9c-20.9 14-40.8 27.7-59.3 41.5H283.3c-9.8-7.4-20.1-14.7-30.7-22.1l7-4.7 3-2c15.1-10.1 30.9-20.6 46.7-31.6c25 18.1 48.9 37.3 69.4 57.7C417.7 372.5 448 420.2 448 480c0 17.7-14.3 32-32 32s-32-14.3-32-32H64c0 17.7-14.3 32-32 32s-32-14.3-32-32c0-59.8 30.3-107.5 69.4-146.6c28-28 62.5-53.5 97.3-77.4c-34.8-23.9-69.3-49.3-97.3-77.4C30.3 139.5 0 91.8 0 32C0 14.3 14.3 0 32 0S64 14.3 64 32H384c0-17.7 14.3-32 32-32zM338.6 384H109.4c-10.1 10.6-18.6 21.3-25.5 32H364.1c-6.8-10.7-15.3-21.4-25.5-32zM109.4 128H338.6c10.1-10.7 18.6-21.3 25.5-32H83.9c6.8 10.7 15.3 21.3 25.5 32zm55.4 48c18.4 13.8 38.4 27.5 59.3 41.5c20.9-14 40.8-27.7 59.3-41.5H164.7z"/></svg> Dra. Evelia Lorena Coss-Navarrete

Investigadora Posdoctoral en el Laboratorio Internacional de Investigación sobre el Genoma Humano [(LIIGH), UNAM](https://twitter.com/LIIGH_UNAM), campus Juriquilla

[<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 640 512" style="height:1em;width:1.25em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:currentColor;overflow:visible;position:relative;"><path d="M579.8 267.7c56.5-56.5 56.5-148 0-204.5c-50-50-128.8-56.5-186.3-15.4l-1.6 1.1c-14.4 10.3-17.7 30.3-7.4 44.6s30.3 17.7 44.6 7.4l1.6-1.1c32.1-22.9 76-19.3 103.8 8.6c31.5 31.5 31.5 82.5 0 114L422.3 334.8c-31.5 31.5-82.5 31.5-114 0c-27.9-27.9-31.5-71.8-8.6-103.8l1.1-1.6c10.3-14.4 6.9-34.4-7.4-44.6s-34.4-6.9-44.6 7.4l-1.1 1.6C206.5 251.2 213 330 263 380c56.5 56.5 148 56.5 204.5 0L579.8 267.7zM60.2 244.3c-56.5 56.5-56.5 148 0 204.5c50 50 128.8 56.5 186.3 15.4l1.6-1.1c14.4-10.3 17.7-30.3 7.4-44.6s-30.3-17.7-44.6-7.4l-1.6 1.1c-32.1 22.9-76 19.3-103.8-8.6C74 372 74 321 105.5 289.5L217.7 177.2c31.5-31.5 82.5-31.5 114 0c27.9 27.9 31.5 71.8 8.6 103.9l-1.1 1.6c-10.3 14.4-6.9 34.4 7.4 44.6s34.4 6.9 44.6-7.4l1.1-1.6C433.5 260.8 427 182 377 132c-56.5-56.5-148-56.5-204.5 0L60.2 244.3z"/></svg> Dra Alejandra Medina-Rivera](https://liigh.unam.mx/profile/dra-alejandra-medina-rivera/)

[<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 496 512" style="height:1em;width:0.97em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:currentColor;overflow:visible;position:relative;"><path d="M165.9 397.4c0 2-2.3 3.6-5.2 3.6-3.3.3-5.6-1.3-5.6-3.6 0-2 2.3-3.6 5.2-3.6 3-.3 5.6 1.3 5.6 3.6zm-31.1-4.5c-.7 2 1.3 4.3 4.3 4.9 2.6 1 5.6 0 6.2-2s-1.3-4.3-4.3-5.2c-2.6-.7-5.5.3-6.2 2.3zm44.2-1.7c-2.9.7-4.9 2.6-4.6 4.9.3 2 2.9 3.3 5.9 2.6 2.9-.7 4.9-2.6 4.6-4.6-.3-1.9-3-3.2-5.9-2.9zM244.8 8C106.1 8 0 113.3 0 252c0 110.9 69.8 205.8 169.5 239.2 12.8 2.3 17.3-5.6 17.3-12.1 0-6.2-.3-40.4-.3-61.4 0 0-70 15-84.7-29.8 0 0-11.4-29.1-27.8-36.6 0 0-22.9-15.7 1.6-15.4 0 0 24.9 2 38.6 25.8 21.9 38.6 58.6 27.5 72.9 20.9 2.3-16 8.8-27.1 16-33.7-55.9-6.2-112.3-14.3-112.3-110.5 0-27.5 7.6-41.3 23.6-58.9-2.6-6.5-11.1-33.3 2.6-67.9 20.9-6.5 69 27 69 27 20-5.6 41.5-8.5 62.8-8.5s42.8 2.9 62.8 8.5c0 0 48.1-33.6 69-27 13.7 34.7 5.2 61.4 2.6 67.9 16 17.7 25.8 31.5 25.8 58.9 0 96.5-58.9 104.2-114.8 110.5 9.2 7.9 17 22.9 17 46.4 0 33.7-.3 75.4-.3 83.6 0 6.5 4.6 14.4 17.3 12.1C428.2 457.8 496 362.9 496 252 496 113.3 383.5 8 244.8 8zM97.2 352.9c-1.3 1-1 3.3.7 5.2 1.6 1.6 3.9 2.3 5.2 1 1.3-1 1-3.3-.7-5.2-1.6-1.6-3.9-2.3-5.2-1zm-10.8-8.1c-.7 1.3.3 2.9 2.3 3.9 1.6 1 3.6.7 4.3-.7.7-1.3-.3-2.9-2.3-3.9-2-.6-3.6-.3-4.3.7zm32.4 35.6c-1.6 1.3-1 4.3 1.3 6.2 2.3 2.3 5.2 2.6 6.5 1 1.3-1.3.7-4.3-1.3-6.2-2.2-2.3-5.2-2.6-6.5-1zm-11.4-14.7c-1.6 1-1.6 3.6 0 5.9 1.6 2.3 4.3 3.3 5.6 2.3 1.6-1.3 1.6-3.9 0-6.2-1.4-2.3-4-3.3-5.6-2z"/></svg> EveliaCoss.github.io](https://eveliacoss.github.io/)

]

.center-col[

### <svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 576 512" style="height:1em;width:1.12em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#181818;overflow:visible;position:relative;"><path d="M287.9 0c9.2 0 17.6 5.2 21.6 13.5l68.6 141.3 153.2 22.6c9 1.3 16.5 7.6 19.3 16.3s.5 18.1-5.9 24.5L433.6 328.4l26.2 155.6c1.5 9-2.2 18.1-9.6 23.5s-17.3 6-25.3 1.7l-137-73.2L151 509.1c-8.1 4.3-17.9 3.7-25.3-1.7s-11.2-14.5-9.7-23.5l26.2-155.6L31.1 218.2c-6.5-6.4-8.7-15.9-5.9-24.5s10.3-14.9 19.3-16.3l153.2-22.6L266.3 13.5C270.4 5.2 278.7 0 287.9 0zm0 79L235.4 187.2c-3.5 7.1-10.2 12.1-18.1 13.3L99 217.9 184.9 303c5.5 5.5 8.1 13.3 6.8 21L171.4 443.7l105.2-56.2c7.1-3.8 15.6-3.8 22.6 0l105.2 56.2L384.2 324.1c-1.3-7.7 1.2-15.5 6.8-21l85.9-85.1L358.6 200.5c-7.8-1.2-14.6-6.1-18.1-13.3L287.9 79z"/></svg> Miembro

- [LupusRGMX](https://twitter.com/LupusRgmx)

- [Proyecto JAGUAR](https://twitter.com/PJaguarLATAM)

- [Rladies Morelia](https://www.facebook.com/profile.php?id=100093337606435)

- [CDSB - Mexico](https://twitter.com/CDSBMexico)

- [RIABIO](https://twitter.com/RiaBioNet)
]

.right-col[

### <svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" style="height:1em;width:1em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#181818;overflow:visible;position:relative;"><path d="M418.4 157.9c35.3-8.3 61.6-40 61.6-77.9c0-44.2-35.8-80-80-80c-43.4 0-78.7 34.5-80 77.5L136.2 151.1C121.7 136.8 101.9 128 80 128c-44.2 0-80 35.8-80 80s35.8 80 80 80c12.2 0 23.8-2.7 34.1-7.6L259.7 407.8c-2.4 7.6-3.7 15.8-3.7 24.2c0 44.2 35.8 80 80 80s80-35.8 80-80c0-27.7-14-52.1-35.4-66.4l37.8-207.7zM156.3 232.2c2.2-6.9 3.5-14.2 3.7-21.7l183.8-73.5c3.6 3.5 7.4 6.7 11.6 9.5L317.6 354.1c-5.5 1.3-10.8 3.1-15.8 5.5L156.3 232.2z"/></svg> Formación académica

- Doctorado en Biotecnología de Plantas, [Cinvestav, Langebio](https://twitter.com/uga_langebio),  [<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 640 512" style="height:1em;width:1.25em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:currentColor;overflow:visible;position:relative;"><path d="M579.8 267.7c56.5-56.5 56.5-148 0-204.5c-50-50-128.8-56.5-186.3-15.4l-1.6 1.1c-14.4 10.3-17.7 30.3-7.4 44.6s30.3 17.7 44.6 7.4l1.6-1.1c32.1-22.9 76-19.3 103.8 8.6c31.5 31.5 31.5 82.5 0 114L422.3 334.8c-31.5 31.5-82.5 31.5-114 0c-27.9-27.9-31.5-71.8-8.6-103.8l1.1-1.6c10.3-14.4 6.9-34.4-7.4-44.6s-34.4-6.9-44.6 7.4l-1.1 1.6C206.5 251.2 213 330 263 380c56.5 56.5 148 56.5 204.5 0L579.8 267.7zM60.2 244.3c-56.5 56.5-56.5 148 0 204.5c50 50 128.8 56.5 186.3 15.4l1.6-1.1c14.4-10.3 17.7-30.3 7.4-44.6s-30.3-17.7-44.6-7.4l-1.6 1.1c-32.1 22.9-76 19.3-103.8-8.6C74 372 74 321 105.5 289.5L217.7 177.2c31.5-31.5 82.5-31.5 114 0c27.9 27.9 31.5 71.8 8.6 103.9l-1.1 1.6c-10.3 14.4-6.9 34.4 7.4 44.6s34.4 6.9 44.6-7.4l1.1-1.6C433.5 260.8 427 182 377 132c-56.5-56.5-148-56.5-204.5 0L60.2 244.3z"/></svg> Dra Selene Fernandez-Valverde](https://twitter.com/SelFdz)

- Maestría en Biotecnología de Plantas, [Cinvestav, Unidad Irapuato](https://twitter.com/CinvestavIra)

- Ing. en Biotecnología, [UPSIN](https://www.facebook.com/UPSINSINALOA)

]

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## Bioinformática se conforma de la computación, biológica, matemáticas y estadística

La bioinformática, en relación con la **genética y la genómica** 🔬, es una **subdisciplina científica** que implica el uso de **ciencias informáticas** 📈 para *recopilar, almacenar, analizar y diseminar datos biológicos*, como secuencias de ADN y aminoácidos o anotaciones sobre esas secuencias [NIH, 2023](https://www.genome.gov/es/genetics-glossary/Bioinformatica).

Uno de sus objetivos es: **Aumentar el entendimiento de la salud y la enfermedad, en ciertos casos, se usan para proveer mejor atención médica** [NIH, 2023](https://www.genome.gov/es/genetics-glossary/Bioinformatica).

.left[.footnote[.black[
NIH: National Human Genome Research Institute
]]]

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## La bioinformática dentro de la genómica 👾

1) **Calidad de los datos**. Paso **FUNDAMENTAL**. Incluye la manipulación y limpieza de los datos. (Temas vistos con Sofia Zorrilla y Maria Jose Palma Martinez; Mayra Fragoso)

2) **Análisis estadístico**

> EJEMPLO: Significancia estadística, significancia biológica, modelos estadísticos acorde al problema.

3) **Generar interpretaciones de los experimentos**. Conocer el método empleado y los archivos de salida.

> EJEMPLOS: Con los datos de RNA-Seq estaremos analizando expresión de los genes. Con datos de GWAS estaremos buscando variantes genéticas.

4) **Bioinformática predictiva**

> EJEMPLO: Predicciones de funciones, elementos genómicos, redes de co-expresión, etc.

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## Objetivo de este mini curso: 📌
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### Hacia una biología **computacional más reproducible, transparente y colaborativa** 💜

> “Los hechos individuales no reproducibles no tienen ninguna importancia para la ciencia”
>
> Karl Popper

.left[.footnote[.black[
Más información [aquí](https://ellipse.prbb.org/es/hacia-una-biologia-computacional-mas-reproducible-transparente-y-colaborativa/).
]]]

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class: inverse, center, middle

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# Un algoritmo nos permite resolver un problema ⭐

Un algoritmo es un método para resolver un problema mediante una serie de pasos **definidos, precisos** y **finitos**.

- **Definido**: si se sigue dos veces, se obtiene el mismo resultado. Es reproducible.

- **Preciso**: implica el orden de realización de cada uno de los pasos.

- **Finito**: Tiene un numero determinado de pasos, implica que tiene un fin.

> Un algoritmo podemos definirlo como un **programa o software**.

---

# Para escribir un buen software necesitas:

> Escribir **código mantenible (maintainable code), usar control de versiones (version control) y rastreadores de problemas (issue trackers), revisiones de código (code reviews), pruebas unitarias (unit testing) y automatización de tareas (task automation)**.
>
> Wilson, et al. 2014. PLOS  Biology

Con el fin de *previnir retracciones*.

.left[.footnote[.black[
[Best Practices for Scientific Computing - The Carpentries](https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1001745)
]]]

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## Código reproducible 🌟

.pull-left[
### Contenedores ⚡

- [Docker](https://docs.docker.com/) 
- [Singularity](https://docs.sylabs.io/guides/3.5/user-guide/introduction.html)
- [Apptainer](https://apptainer.org/)

Se puede almacenar todo el workflow, archivos, generando codigo reproducible y cooperativo.

> Minicurso del uso de [Docker](https://www.melbournebioinformatics.org.au/tutorials/tutorials/docker/docker/).

]

.pull-right[

### Crear pipelines completos 🌀

- [Nextflow](https://training.nextflow.io/es/)
- [Snakemake](https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/tutorial/tutorial.html)
]

---

# Pasos para escribir un buen software

.pull-left[
1) Análisis del problema / Definir el problema

2) Diseño del algoritmo / Diseño del programa

3) Codificación / Escribir el código

4) Compilación y ejecución del programa

5) Verificación / Realizar pruebas

6) Depuración / Detectar los errores y corregirlos

> Programacion defensiva

7) Documentación

]

.center[.pull-right[
<img src = "figures/homersapien.jpg", height = "250">]
]

---

## Paso 7: Documentación

.content-box-gray[
- *Autor (author)*: Su nombre

- *Dia (date)*: Fecha de creación

- *Paquetes (packages)*

- *Directorio de trabajo (Working directory)*: En que carpeta se encuentra tu datos y programa.

- *Información descriptiva del programa (Description)*: ¿Para qué sirve el programa? Ej: El siguiente programa realiza la suma de dos numeros enteros a partir de la entrada del usuario y posteriormente la imprime en pantalla.

- *Usage* ¿Cómo se utiliza?

- *Argumentos (Arguments)*

- *Información de entrada (Data Inputs)*: Ej: Solo numeros enteros (sin decimales).

- *Información de salida (Outpus)*: Graficas, figuras, tablas, etc.

]
---

.center[
<img src="figures/meme_documentacion.jpg">

]

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## Puntos claves ⭐

1) Escriba **programas para personas, no para computadoras** (Documenta qué hace y por qué). - Se coherente en la nomenclatura, indentación y otros aspectos del estilo.

2) Divide los programas en **funciones cortas de un solo propósito*. 💻 📚

3) **No repitas tu código**. Crea pasos reproducibles o que se repitan por si solas. ➰

4) Planifique los errores (**Programacion defensiva**) 🚩

5) **Optimice el software sólo después de que funcione correctamente**. - Si funciona no lo modifiques, simplificalo.

6) Colaborar - Busque siempre bibliotecas de software bien mantenidas que hagan lo que necesita. 👥

> Ninguna de estas prácticas garantizará un desarrollo de software eficiente y libre de errores, pero utilizadas en conjunto **reducirán el número de errores en el software científico**, facilitarán su **reutilización** y ahorrarán a los autores del software **tiempo y esfuerzo** que pueden utilizar para centrarse. sobre las cuestiones científicas subyacentes.
> 
> Wilson, et al. 2014. PLOS  Biology

.left[.footnote[.black[
Más información [Escribiendo buen software](https://swcarpentry.github.io/r-novice-gapminder-es/16-wrap-up.html) y [Best Practices for Scientific Computing - The Carpentries](https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1001745)
]]]

---

## Documentación de funciones 💻

```
Synthesize image files for testing circularity estimation algorithm.

Usage: make_images.py -f fuzzing -n flaws -o output -s seed -v -w size

where:
-f fuzzing = fuzzing range of blobs (typically 0.0-0.2)
-n flaws   = p(success) for geometric distribution of # flaws/sample (e.g. 0.5-0.8)
-o output  = name of output file
-s seed    = random number generator seed (large integer)
-v         = verbose
-w size    = image width/height in pixels (typically 480-800)
-h = show help message
```

> Cuando ya vayamos a crear un paquete podemos usar [`roxygen2`](https://github.com/r-lib/roxygen2) para la documentacion de las funciones.

Yo uso el ejemplo de la funcion [`suma()`](https://www.rdocumentation.org/packages/base/versions/3.6.2/topics/sum).

.left[.footnote[.black[
[Good Enough Practices for Scientific Computing](https://swcarpentry.github.io/good-enough-practices-in-scientific-computing/)
]]]

---

# Ejemplo de como realizo mis documentos 💜 
 
Aqui les dejo el script que les doy a mis alumnos [VisualizacionDatos.R](https://github.com/EveliaCoss/RNAseq_classFEB2024/blob/main/Practica_Dia3/scripts/VisualizacionDatos.R) del curso de [Análisis de datos de RNA-Seq ](https://github.com/EveliaCoss/RNAseq_classFEB2024).

---

## Ejemplo:

El software detecta la informacion que esta posterior al `#'`.

``` r
# install.packages("docstring")
library(docstring)
library(roxygen2)

multiply <- function(x,y){
#' @title Multiply two numbers
#' @description This function takes two
#' input numbers and multiplies
#' them. It returns the multiplied result.
#' @param x The first value
#' @param y The second value
#' @return The two arguments multiplied.

return(x*y)
}

?multiply
```

.left[.footnote[.black[
Ejercicio tomado de [aqui](https://utrechtuniversity.github.io/workshop-computational-reproducibility/chapters/comments-and-docstrings.html). Documentacion [docstring](https://cran.r-project.org/web/packages/docstring/vignettes/docstring_intro.html).
]]]

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## NOTAS 💜

> Usa el mismo estilo que en el paquete [`roxygen2`](https://github.com/r-lib/roxygen2). Generan un archivo RD que se lee en R en la seccion Help.

> NOTA: para proyectos podemos usar el template [simple-r-project](https://github.com/UtrechtUniversity/simple-r-project).

> NOTA: Los parametros de la documentacion de [docstring](https://cran.r-project.org/web/packages/docstring/vignettes/docstring_intro.html)

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class: inverse, center, middle

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## Características de una vignette 📑

- Debe mostrar un **flujo de análisis** explotando el **potencial** de tu paquete.
- Implementa tantas **funciones de tu paquete como sea posible**, pero no es necesario que incluya todas.
- Los datos a usar deben ser pequeños o fáciles de acceder - *test*
- Puedes crear múltiples viñetas para mostrar diferentes casos de análisis y cubrir una mayor cantidad de funciones.

Ejemplo:

``` r
browseVignettes(package = "ggplot2")
```

.left[.footnote[.black[
[Curso de Joselyn Cristina Chávez Fuentes](https://comunidadbioinfo.github.io/cdsb2023/creaci%C3%B3n-de-vi%C3%B1etas.html)
]]]

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# Paquetes necesarios

``` r
# install.packages("devtools")
library(usethis) # usethis::create_package()
library(dplyr)
library(ggplot2)
```

---

# Pasos para crear un paquete

Muy general, vamos a crear un paquete para nosotros, por lo que, solo funciona en nuestra compu.

- **Paso 1.** Almacenar cada funcion en `.R` y carpeta `R/` 📕 - [plot_volcano.R](https://github.com/EveliaCoss/Buenaspracticas_R_Mayo2024/blob/main/BestPractices/practica/R/plot_volcano.R)

- **Paso 2.** Crear el paquete con `usethis::create_package("directorio completo")` 📁

> Con esto:
> - Generar el directorio vignettes en caso que no exista.
> - Agregar dependencias en el archivo DESCRIPTION (por ejemplo, knitr necesario para construir viñetas dentro del paquete).
> - Abrir un templado en formato .Rmd para comenzar a escribir la viñeta, que se va a guardar en vignettes/mi_vignette.Rmd
> - Se va a crear un Rproject con el nombre de esta carpeta.

``` r
usethis::create_package("C:/Users/ecoss/OneDrive - CINVESTAV/Documentos/Github_notes/EveCoss_website/BestPractices/practica/")
```

---

# Pasos para crear un paquete

- **Paso 3.** Cargar los vignette empleando `devtools::document()` 📑

``` r
# Verificar la informacion que teniamos
?plot_volcano
```

.left[.footnote[.black[
[Curso de Joselyn Cristina Chávez Fuentes](https://comunidadbioinfo.github.io/cdsb2023/creaci%C3%B3n-de-vi%C3%B1etas.html); Me ayudo mucho este [Video](https://www.youtube.com/watch?v=7ZgZ6qUKZvE&ab_channel=DaniMedi).
]]]

- **Paso 4.** Vamos a verificar que el paquete se a creado ✏️

Vamos a usar estos datos [DE_Treated_vs_control.csv](https://github.com/EveliaCoss/Buenaspracticas_R_Mayo2024/blob/main/BestPractices/practica/DEG_example/DE_Treated_vs_control.csv) generados a partir del script [DEG_example.R](https://github.com/EveliaCoss/Buenaspracticas_R_Mayo2024/blob/main/BestPractices/practica/DEG_example/DEG_example.R).

Emplearemos el script [Empleo_funciones_ejemplo.R](https://github.com/EveliaCoss/Buenaspracticas_R_Mayo2024/blob/main/BestPractices/practica/Empleo_funciones_ejemplo.R).

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#### Otros materiales interesantes

.pull-left[
### Diseño de pruebas ✒️

- [testthat](https://testthat.r-lib.org/)

- Curso impartido por [Mirna Vázquez Rosas-Landa](https://comunidadbioinfo.github.io/cdsb2023/dise%C3%B1o-de-pruebas.html)

### Control de versiones con GitHub y Rstudio

- Curso impartido por [Alejandra Medina](https://comunidadbioinfo.github.io/cdsb2023/control-de-versiones-con-github-y-rstudio.html)
- [video](https://www.youtube.com/watch?v=iv08zmyzKVE&list=PLwa0ZAE6DJg6MjRAz3uSl0BTXEz9E3uF4&index=3&ab_channel=CommunityofBioinformaticsSoftwareDevelopers)
]

.pull-right[

### Creando paquetes en R 📁

- [Leonardo Collado](https://github.com/lcolladotor)
- paquete [biocthis](https://github.com/lcolladotor/biocthis)
- [Video de Joselyn Chavez](https://www.youtube.com/watch?v=DCni-LcxLtg&list=PLwa0ZAE6DJg6MjRAz3uSl0BTXEz9E3uF4&index=12&ab_channel=CommunityofBioinformaticsSoftwareDevelopers)
- [Video de Leonardo Collado](https://www.youtube.com/watch?v=1bRR-P_y59A&ab_channel=ConectaR)
- Github de [CDSB 2023](https://github.com/ComunidadBioInfo/cdsb2023)

.center[
<img src = "figures/meme_enamorado.jpg", height = "250">]

]

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# Licencias

Que pueden hacer o que no pueden hacer las personas con tu codigo.

- [Creative Commons Attribution 4.0 International License](http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)
- [MIT Licence](https://github.com/NBISweden/workshop-reproducible-research/blob/main/LICENCE.txt)
- [GNU General Public License v3.0](https://github.com/INMEGEN/taller.supercomputo/blob/master/LICENSE)

---

background-image: url(data:image/png;base64,#figures/TheCarpentries-logo.png) 
background-position: 10% 10%
background-size: 10%
class: middle, center

# Instructoras certificadas **The Carpentries**
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.left-col[

- [Software Carpentry](https://software-carpentry.org/lessons/)

- [Data Carpentry](http://www.datacarpentry.org/lessons/)

- [Library Carpentry](https://librarycarpentry.org/lessons/)
]

.center[
Miembros actuales de Rladies: Nelly Selem, Haydee Peruyeri, Driselda Sanchez, Mayra Fragoso, Evelia Coss, Quetzally Medina.
]

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## Siempre toma lo mejor de los mejores y aprende de sus códigos

.center[
<img src="figures/meme_bioinfo.jpg", width="500" height="400">

]

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class: center, middle

Gracias por tu atención, respira y coméntame tus dudas.

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# Referencias

.pull-left[
- [Accessibility & Reproducibility](https://utrechtuniversity.github.io/workshop-computational-reproducibility/chapters/schedule.html)
- [Cookiecutter](https://www.cookiecutter.io/)
- [cookiecutter-data-science - Python](https://github.com/drivendataorg/cookiecutter-data-science)
- [assertr](https://cran.r-project.org/web/packages/assertr/vignettes/assertr.html)
- [simple-r-project](https://github.com/UtrechtUniversity/simple-r-project)
- [Video - Regulacion de bioinformatica](https://www.facebook.com/watch/?v=222045292638259)
- [ISO 9001](https://alliancetrustc.com/iso-9001/)
- [Articulo sobre las leyes de regulacion de bioinformatica](http://scielo.sld.cu/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0864-21412022000300020)
- [Github - Tools for Reproducible Research](https://github.com/NBISweden/workshop-reproducible-research)
- [Articulo - Publish your computer code: it is good enough](https://www.nature.com/articles/467753a)
]

.pull-right[
- [Articulo - Ten Simple Rules for Reproducible Computational Research](https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1003285)
- [Writing Reproducible Manuscripts in R & Python](https://utrechtuniversity.github.io/workshop-reproducible-manuscripts/acknowledgements.html)
- [Best practices in bioinformatics research: open source software and reproducibility](https://github.com/lgatto/open-rr-bioinfo-best-practice)
- [Introducción a la bioinformática e investigación reproducible para análisis genómicos](https://github.com/u-genoma/BioinfinvRepro)
]