Buenas prácticas en Bioinformática

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.center-column[
# Buenas prácticas en Bioinformática
### ⚔<br/>Aspectos generales

####Dra. Evelia Coss 
#### 02/Sep/2025
]

.left[.footnote[R-Ladies Theme[R-Ladies Theme](https://www.apreshill.com/project/rladies-xaringan/)]]

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background-image: url(data:image/png;base64,#figures/liigh_unam_logo.png) 
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# Sobre mi
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.left-col[

### <svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 448 512" style="height:1em;width:0.88em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#181818;overflow:visible;position:relative;"><path d="M416 0c17.7 0 32 14.3 32 32c0 59.8-30.3 107.5-69.4 146.6c-28 28-62.5 53.5-97.3 77.4l-2.5 1.7c-11.9 8.1-23.8 16.1-35.5 23.9l0 0 0 0 0 0-1.6 1c-6 4-11.9 7.9-17.8 11.9c-20.9 14-40.8 27.7-59.3 41.5H283.3c-9.8-7.4-20.1-14.7-30.7-22.1l7-4.7 3-2c15.1-10.1 30.9-20.6 46.7-31.6c25 18.1 48.9 37.3 69.4 57.7C417.7 372.5 448 420.2 448 480c0 17.7-14.3 32-32 32s-32-14.3-32-32H64c0 17.7-14.3 32-32 32s-32-14.3-32-32c0-59.8 30.3-107.5 69.4-146.6c28-28 62.5-53.5 97.3-77.4c-34.8-23.9-69.3-49.3-97.3-77.4C30.3 139.5 0 91.8 0 32C0 14.3 14.3 0 32 0S64 14.3 64 32H384c0-17.7 14.3-32 32-32zM338.6 384H109.4c-10.1 10.6-18.6 21.3-25.5 32H364.1c-6.8-10.7-15.3-21.4-25.5-32zM109.4 128H338.6c10.1-10.7 18.6-21.3 25.5-32H83.9c6.8 10.7 15.3 21.3 25.5 32zm55.4 48c18.4 13.8 38.4 27.5 59.3 41.5c20.9-14 40.8-27.7 59.3-41.5H164.7z"/></svg> Dra. Evelia Lorena Coss-Navarrete

Investigadora Posdoctoral en el Laboratorio Internacional de Investigación sobre el Genoma Humano [(LIIGH), UNAM](https://twitter.com/LIIGH_UNAM), campus Juriquilla

[<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 640 512" style="height:1em;width:1.25em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:currentColor;overflow:visible;position:relative;"><path d="M579.8 267.7c56.5-56.5 56.5-148 0-204.5c-50-50-128.8-56.5-186.3-15.4l-1.6 1.1c-14.4 10.3-17.7 30.3-7.4 44.6s30.3 17.7 44.6 7.4l1.6-1.1c32.1-22.9 76-19.3 103.8 8.6c31.5 31.5 31.5 82.5 0 114L422.3 334.8c-31.5 31.5-82.5 31.5-114 0c-27.9-27.9-31.5-71.8-8.6-103.8l1.1-1.6c10.3-14.4 6.9-34.4-7.4-44.6s-34.4-6.9-44.6 7.4l-1.1 1.6C206.5 251.2 213 330 263 380c56.5 56.5 148 56.5 204.5 0L579.8 267.7zM60.2 244.3c-56.5 56.5-56.5 148 0 204.5c50 50 128.8 56.5 186.3 15.4l1.6-1.1c14.4-10.3 17.7-30.3 7.4-44.6s-30.3-17.7-44.6-7.4l-1.6 1.1c-32.1 22.9-76 19.3-103.8-8.6C74 372 74 321 105.5 289.5L217.7 177.2c31.5-31.5 82.5-31.5 114 0c27.9 27.9 31.5 71.8 8.6 103.9l-1.1 1.6c-10.3 14.4-6.9 34.4 7.4 44.6s34.4 6.9 44.6-7.4l1.1-1.6C433.5 260.8 427 182 377 132c-56.5-56.5-148-56.5-204.5 0L60.2 244.3z"/></svg> Dra Alejandra Medina-Rivera](https://liigh.unam.mx/profile/dra-alejandra-medina-rivera/)

[<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 496 512" style="height:1em;width:0.97em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:currentColor;overflow:visible;position:relative;"><path d="M165.9 397.4c0 2-2.3 3.6-5.2 3.6-3.3.3-5.6-1.3-5.6-3.6 0-2 2.3-3.6 5.2-3.6 3-.3 5.6 1.3 5.6 3.6zm-31.1-4.5c-.7 2 1.3 4.3 4.3 4.9 2.6 1 5.6 0 6.2-2s-1.3-4.3-4.3-5.2c-2.6-.7-5.5.3-6.2 2.3zm44.2-1.7c-2.9.7-4.9 2.6-4.6 4.9.3 2 2.9 3.3 5.9 2.6 2.9-.7 4.9-2.6 4.6-4.6-.3-1.9-3-3.2-5.9-2.9zM244.8 8C106.1 8 0 113.3 0 252c0 110.9 69.8 205.8 169.5 239.2 12.8 2.3 17.3-5.6 17.3-12.1 0-6.2-.3-40.4-.3-61.4 0 0-70 15-84.7-29.8 0 0-11.4-29.1-27.8-36.6 0 0-22.9-15.7 1.6-15.4 0 0 24.9 2 38.6 25.8 21.9 38.6 58.6 27.5 72.9 20.9 2.3-16 8.8-27.1 16-33.7-55.9-6.2-112.3-14.3-112.3-110.5 0-27.5 7.6-41.3 23.6-58.9-2.6-6.5-11.1-33.3 2.6-67.9 20.9-6.5 69 27 69 27 20-5.6 41.5-8.5 62.8-8.5s42.8 2.9 62.8 8.5c0 0 48.1-33.6 69-27 13.7 34.7 5.2 61.4 2.6 67.9 16 17.7 25.8 31.5 25.8 58.9 0 96.5-58.9 104.2-114.8 110.5 9.2 7.9 17 22.9 17 46.4 0 33.7-.3 75.4-.3 83.6 0 6.5 4.6 14.4 17.3 12.1C428.2 457.8 496 362.9 496 252 496 113.3 383.5 8 244.8 8zM97.2 352.9c-1.3 1-1 3.3.7 5.2 1.6 1.6 3.9 2.3 5.2 1 1.3-1 1-3.3-.7-5.2-1.6-1.6-3.9-2.3-5.2-1zm-10.8-8.1c-.7 1.3.3 2.9 2.3 3.9 1.6 1 3.6.7 4.3-.7.7-1.3-.3-2.9-2.3-3.9-2-.6-3.6-.3-4.3.7zm32.4 35.6c-1.6 1.3-1 4.3 1.3 6.2 2.3 2.3 5.2 2.6 6.5 1 1.3-1.3.7-4.3-1.3-6.2-2.2-2.3-5.2-2.6-6.5-1zm-11.4-14.7c-1.6 1-1.6 3.6 0 5.9 1.6 2.3 4.3 3.3 5.6 2.3 1.6-1.3 1.6-3.9 0-6.2-1.4-2.3-4-3.3-5.6-2z"/></svg> EveliaCoss.github.io](https://eveliacoss.github.io/)

]

.center-col[

### <svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 576 512" style="height:1em;width:1.12em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#181818;overflow:visible;position:relative;"><path d="M287.9 0c9.2 0 17.6 5.2 21.6 13.5l68.6 141.3 153.2 22.6c9 1.3 16.5 7.6 19.3 16.3s.5 18.1-5.9 24.5L433.6 328.4l26.2 155.6c1.5 9-2.2 18.1-9.7 23.5s-17.3 6-25.3 1.7l-137-73.2L151 509.1c-8.1 4.3-17.9 3.7-25.3-1.7s-11.2-14.5-9.7-23.5l26.2-155.6L31.1 218.2c-6.5-6.4-8.7-15.9-5.9-24.5s10.3-14.9 19.3-16.3l153.2-22.6L266.3 13.5C270.4 5.2 278.7 0 287.9 0zm0 79L235.4 187.2c-3.5 7.1-10.2 12.1-18.1 13.3L99 217.9 184.9 303c5.5 5.5 8.1 13.3 6.8 21L171.4 443.7l105.2-56.2c7.1-3.8 15.6-3.8 22.6 0l105.2 56.2L384.2 324.1c-1.3-7.7 1.2-15.5 6.8-21l85.9-85.1L358.6 200.5c-7.8-1.2-14.6-6.1-18.1-13.3L287.9 79z"/></svg> Miembro

- [LupusRGMX](https://twitter.com/LupusRgmx)
- [Proyecto JAGUAR](https://twitter.com/PJaguarLATAM)
- [Rladies Morelia](https://www.facebook.com/profile.php?id=100093337606435)
- [CDSB - Mexico](https://twitter.com/CDSBMexico)
- [RIABIO](https://twitter.com/RiaBioNet)
- [The Carpentries](https://carpentries.org/index.html)
- [ISCB-RSG Mexico](https://rsg-mexico.iscbsc.org/)
- [ISCB Wikipedia team](https://x.com/iscbwikiteam)
]

.right-col[

### <svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" style="height:1em;width:1em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#181818;overflow:visible;position:relative;"><path d="M418.4 157.9c35.3-8.3 61.6-40 61.6-77.9c0-44.2-35.8-80-80-80c-43.4 0-78.7 34.5-80 77.5L136.2 151.1C121.7 136.8 101.9 128 80 128c-44.2 0-80 35.8-80 80s35.8 80 80 80c12.2 0 23.8-2.7 34.1-7.6L259.7 407.8c-2.4 7.6-3.7 15.8-3.7 24.2c0 44.2 35.8 80 80 80s80-35.8 80-80c0-27.7-14-52.1-35.4-66.4l37.8-207.7zM156.3 232.2c2.2-6.9 3.5-14.2 3.7-21.7l183.8-73.5c3.6 3.5 7.4 6.7 11.6 9.5L317.6 354.1c-5.5 1.3-10.8 3.1-15.8 5.5L156.3 232.2z"/></svg> Formación académica

- Doctorado en Biotecnología de Plantas, [Cinvestav, Langebio](https://twitter.com/uga_langebio),  [<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 640 512" style="height:1em;width:1.25em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:currentColor;overflow:visible;position:relative;"><path d="M579.8 267.7c56.5-56.5 56.5-148 0-204.5c-50-50-128.8-56.5-186.3-15.4l-1.6 1.1c-14.4 10.3-17.7 30.3-7.4 44.6s30.3 17.7 44.6 7.4l1.6-1.1c32.1-22.9 76-19.3 103.8 8.6c31.5 31.5 31.5 82.5 0 114L422.3 334.8c-31.5 31.5-82.5 31.5-114 0c-27.9-27.9-31.5-71.8-8.6-103.8l1.1-1.6c10.3-14.4 6.9-34.4-7.4-44.6s-34.4-6.9-44.6 7.4l-1.1 1.6C206.5 251.2 213 330 263 380c56.5 56.5 148 56.5 204.5 0L579.8 267.7zM60.2 244.3c-56.5 56.5-56.5 148 0 204.5c50 50 128.8 56.5 186.3 15.4l1.6-1.1c14.4-10.3 17.7-30.3 7.4-44.6s-30.3-17.7-44.6-7.4l-1.6 1.1c-32.1 22.9-76 19.3-103.8-8.6C74 372 74 321 105.5 289.5L217.7 177.2c31.5-31.5 82.5-31.5 114 0c27.9 27.9 31.5 71.8 8.6 103.9l-1.1 1.6c-10.3 14.4-6.9 34.4 7.4 44.6s34.4 6.9 44.6-7.4l1.1-1.6C433.5 260.8 427 182 377 132c-56.5-56.5-148-56.5-204.5 0L60.2 244.3z"/></svg> Dra Selene Fernandez-Valverde](https://twitter.com/SelFdz)
- Maestría en Biotecnología de Plantas, [Cinvestav, Unidad Irapuato](https://twitter.com/CinvestavIra)
- Ing. en Biotecnología, [UPSIN](https://www.facebook.com/UPSINSINALOA)

]

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## Bioinformática se conforma de la computación, biológica, matemáticas y estadística

La bioinformática, en relación con la **genética y la genómica, es una subdisciplina científica** que implica el uso de **ciencias informáticas** para *recopilar, almacenar, analizar, diseminar datos biológicos,* como secuencias de DNA, RNA y aminoácidos o anotaciones sobre esas secuencias ([NIH, 2023](https://www.genome.gov/es/genetics-glossary/Bioinformatica)) .

Uno de sus objetivos es: **Aumentar el entendimiento de la salud y la enfermedad, en ciertos casos, se usan para proveer mejor atención médica** ([NIH, 2023](https://www.genome.gov/es/genetics-glossary/Bioinformatica)).

.left[.footnote[.black[
NIH: National Human Genome Research Institute
]]]

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## Un algoritmo nos permite resolver un problema ⭐

Un algoritmo es un método para resolver un problema mediante una serie de pasos **definidos, precisos y finitos.**

- **Definido:** si se sigue dos veces, se obtiene el mismo resultado. Es reproducible.
- **Preciso:** implica el orden de realización de cada uno de los pasos.
- **Finito:** Tiene un numero determinado de pasos, implica que tiene un fin.

> Es **independiente del lenguaje de programación:** puedes expresar un algoritmo en *pseudocódigo, diagramas de flujo, o incluso en lenguaje natural*.

<img src="data:image/png;base64,#figures/allison-horst-code-kitchen.png" width="60%" style="display: block; margin: auto;" />
.left[.footnote[.black[
Imagen tomada de: [Allison Horst](https://allisonhorst.com/allison-horst) 
]]]

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## 🗣️ Lenguaje Natural
### en el contexto de algoritmos y programación

.pull-left[
- Utiliza **palabras comunes y cotidianas** para describir procesos o instrucciones.
- Es **intuitivo y accesible,** ideal para explicar algoritmos sin tecnicismos.
- No requiere conocimientos previos de programación.
- Puede ser **ambiguo o impreciso,** por lo que no siempre es adecuado para implementación directa.
- Se usa frecuentemente como primer paso antes de escribir pseudocódigo o código real.
]

.pull-right[.content-box-blue[
El programa solicita al usuario que ingrese su edad. Luego compara ese valor con 18. Si la edad es mayor o igual a 18, se muestra el mensaje “Eres mayor de edad”. Si no lo es, se muestra “Eres menor de edad”.
]]

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##  Pseudocódigo

.pull-left[
- El pseudocódigo permite escribir algoritmos con **sintaxis relajada**, sin seguir reglas estrictas de un lenguaje de programación.
- Organiza los **pasos lógicos** necesarios para construir un algoritmo, sin detallar estructuras de datos complejas.
- Usa un **lenguaje sencillo y legible, accesible** para personas sin experiencia técnica.
- 🔄 Los pasos escritos en pseudocódigo pueden **traducirse fácilmente** a cualquier lenguaje de programación.
]

.pull-right[
```
INICIO
  DEFINIR edad COMO ENTERO
  LEER edad
  SI edad >= 18 ENTONCES
    MOSTRAR "Eres mayor de edad"
  SINO
    MOSTRAR "Eres menor de edad"
FIN
```
]

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## Diagrama de Flujo

.pull-left[
- Representa **visualmente un algoritmo mediante símbolos gráficos** (óvalos, rectángulos, rombos, etc.).
- Muestra el flujo **lógico de decisiones, procesos y entradas/salidas.**
- Facilita la *comprensión rápida* de la estructura del algoritmo.
- Ayuda a identificar errores o redundancias en la lógica.
- Es útil tanto para documentación técnica como para enseñanza.
]

.pull-right[

]

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## Para escribir un buen software necesitas:

> Escribir código mantenible (maintainable code), usar control de versiones (version control) y rastreadores de problemas (issue trackers), revisiones de código (code reviews), pruebas unitarias (unit testing) y automatización de tareas (task automation).
>
> [Wilson, *et al.* 2014. *PLOS Biology*](https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1001745)

<img src="data:image/png;base64,#figures/what-code-quality-1.jpg" width="60%" style="display: block; margin: auto;" />
.left[.footnote[.black[
Imagen tomada de: https://devcom.com/tech-blog/code-quality-definition-how-to-improve-code-quality/
]]]

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## Pasos para escribir un buen software

.pull-left[
1. Análisis del problema / Definir el problema

2. Diseño del algoritmo / Diseño del programa

3. Codificación / Escribir el código

4. Compilación y ejecución del programa

5. Verificación / Realizar pruebas

6. Depuración / Detectar los errores y corregirlos
> Programacion defensiva

7. Documentación
]

.pull-right[

<img src="data:image/png;base64,#figures/homersapien.jpg" width="80%" style="display: block; margin: auto;" />
]

---

## Paso 7: Documentación

.left[.footnote[.black[
Imagen tomada de: [Allison Horst](https://allisonhorst.com/allison-horst) 
]]]

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## Correcta documentación de nuestro código

.content-box-blue[

- **Título:** (opcional)

- **Autor (author):** Su nombre

- **Dia (date):** Fecha de creación

- **Paquetes** (packages)

- **Directorio de trabajo (Working directory):** En que carpeta se encuentra tu datos y programa.

- **Información descriptiva del programa (Description):** ¿Para qué sirve el programa? Ej: El siguiente programa realiza la suma de dos números enteros a partir de la entrada del usuario y posteriormente la imprime en pantalla.

- **Usage ¿Cómo se utiliza?**

- **Argumentos (Arguments)**

+ Información de entrada (Data Inputs): Ej: Solo números enteros (sin decimales).

+ Información de salida (Outpus): Gráficas, figuras, tablas, etc.

]

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## Ejercicio en grupo: Lluvia de ideas 🧬

.content-box-blue[
Tras meses de trabajo y espera, finalmente obtienes los resultados de tu análisis de secuenciación. Emocionadx, decides compartirlos con unx colega que intenta replicar el proceso. Sin embargo, al comparar los resultados, ambos se sorprenden: los resultados que obtuvieron no coinciden.

**¿Qué pudo haber salido mal? ¿Por qué los resultados no fueron reproducibles?**
]

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## Preguntas clave para garantizar una documentación robusta y reproducible

1. **Origen y versión de los datos:** 📊 ¿Todos los datos provienen de la misma fuente y corresponden a la misma versión o fecha de descarga?

2. **Versionado de herramientas:** 🚀 ¿Se utilizó la misma versión de cada programa, paquete o entorno en todos los análisis?

3. **Parámetros de ejecución:** 📐 ¿Los programas se ejecutaron con los mismos parámetros, opciones y configuraciones?

4. **Registro y trazabilidad:** 📈 ¿Se documentaron explícitamente estas decisiones en un archivo accesible y versionado?

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## Puntos claves para buenas prácticas en bioinfo ⭐

1. Escriba **programas para personas, no para computadoras** (Documenta qué hace y por qué). - Se coherente en la nomenclatura, indentación y otros aspectos del estilo.

2. Divide los programas en funciones cortas de un solo propósito. 💻 📚

3. **No repitas tu código.** Crea pasos reproducibles o que se repitan por si solas. ➰

4. Planifique los errores (**Programacion defensiva**) 🚩

5. Optimice el software sólo después de que funcione correctamente. - Si funciona no lo modifiques, simplificalo.

6. Colaborar - Busque siempre bibliotecas de software bien mantenidas que hagan lo que necesita. 👥

> Ejemplo de como realizo mis documentos 💜
> Aqui les dejo el script que les doy a mis alumnos [VisualizacionDatos.R](https://github.com/EveliaCoss/RNAseq_classFEB2024/blob/main/Practica_Dia3/scripts/VisualizacionDatos.R) del curso de [Análisis de datos de RNA-Seq](https://github.com/EveliaCoss/RNAseq_classFEB2024).

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##  Desafío

.center[.content-box-purple[
El **código y los datos** deben encontrarse disponibles.
]]

.left[.footnote[.black[
Imagen tomada de: [The Turing Way Community, & Scriberia (2020)](https://zenodo.org/records/4323154)
]]]

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## Código

Se refiere a los **scripts, programas o fragmentos de instrucciones escritas en lenguajes de programación** (como Python, R, Bash, entre otros) que permiten *analizar, visualizar y procesar datos biológicos.*

.pull-left[

Aplicaciones prácticas

- Filtrar y transformar datos genómicos.
- Crear figuras científicas reproducibles.
- Diseñar primers para PCR.
- Modelar estructuras proteicas.
- Documentar análisis para enseñanza o publicación.
]

.pull-right[
<img src="data:image/png;base64,#figures/map_frosting.png" width="100%" style="display: block; margin: auto;" />
]

.left[.footnote[.black[
Imagen tomada de: [Allison Horst](https://allisonhorst.com/allison-horst) 
]]]

---

## Datos en investigación

.pull-left[
Como científico puedes:

- **Generar datos** mediante experimentos, muestreos o curación.
- **Analizar datos de terceros** para descubrir nuevo conocimiento, según su nivel de procesamiento:
  + **Primarios:** Recolectados pero sin procesar (ej. observaciones, notas de campo).
  + **Procesados:** Digitalizados, transcritos, limpiados y validados.
  + **Analizados:** Transformados en modelos, gráficos o textos que facilitan conclusiones y decisiones.
]

.pull-right[
<img src="data:image/png;base64,#figures/presenting_monster.png" width="100%" style="display: block; margin: auto;" />
]

.left[.footnote[.black[
Diapositiva proveniente de [Heladia Salgado](https://lcg-cursos.github.io/material/introbioinfo/L2-buenas-practicas.html#22) e información proveniente de [Gestión de datos de investigación](https://biblioguias.cepal.org/gestion-de-datos-de-investigacion/tipos-datos)]]]

---

## <svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 384 512" style="height:1em;width:0.75em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:purple;overflow:visible;position:relative;"><path d="M0 48C0 21.5 21.5 0 48 0l0 48V441.4l130.1-92.9c8.3-6 19.6-6 27.9 0L336 441.4V48H48V0H336c26.5 0 48 21.5 48 48V488c0 9-5 17.2-13 21.3s-17.6 3.4-24.9-1.8L192 397.5 37.9 507.5c-7.3 5.2-16.9 5.9-24.9 1.8S0 497 0 488V48z"/></svg> Reproducibilidad

**Reproducibilidad computacional** es que otra persona pueda ejecutar el **código que hemos creado y tenga los mismos resultados.**

.pull-left[
Esto incluye a:

- Científicos de otras instituciones
- Colaboradores
- Nosotros mismos

.left[.footnote[.black[
Diapositiva proveniente de [Miriam Lerma](https://miriamll.github.io/teaching_R_Rmd/Repro#5) e Imagen tomada de: [Kirstie Jane](https://github.com/WhitakerLab/ReproducibleResearch) 
]]]

]

.pull-right[
<img src="data:image/png;base64,#figures/meme3.jpeg" width="80%" style="display: block; margin: auto;" />

]

---

## Dimensiones de la reproducibilidad

La reproducibilidad tiene varias dimensiones, de acuerdo a:

- si usamos los **mismos datos o datos diferentes**
- si usamos el **mismo código o lo adaptamos**

.pull-left[
<img src="data:image/png;base64,#figures/ReproducibleMatrix.jpg" width="120%" style="display: block; margin: auto;" />
]

.pull-right[
- **Reproducible:** mismos datos deben dar el mismo resultado.
- **Replicable:** mismos análisis pero con diferentes datos dan resultados cualitativamente similares.
- **Robusto:** los mismos datos pero diferente análisis, dan resultados similares.
- **Generalizable:** diferentes datos y análisis para entender que los resultados no son dependientes de ese set de datos en particular y de ese análisis en particular.

]

.left[.footnote[.black[
Diapositiva proveniente de [Miriam Lerma](https://miriamll.github.io/teaching_R_Rmd/Repro#6) e imagen tomada de [Showing your working](https://figshare.com/articles/journal_contribution/Showing_your_working_a_how_to_guide_to_reproducible_research/5443201/1?file=9410686) de [Kirstie Jane](https://github.com/WhitakerLab/ReproducibleResearch) ]]]

---

## Principios FAIR

> **Objetivo:** Implementar las **buenas prácticas** para la gestión y administración de datos científicos.

.pull-left[

Recordemos que:
El método científico esta sustentado en dos pilares: **reproducibilidad y refutabilidad**.

Lema: **"Tan abiertos como sea posible, tan cerrados como sea necesario" (abierto por defecto)**

]

.pull-right[
- Se requiere claridad y transparencia en torno a las condiciones que rigen el acceso y la reutilización.
- 4 principios principales:
  + **Findable (Encontrables):** fácilmente localizables mediante identificadores únicos y metadatos claros.
  + **Accessible (Accesibles):** disponibles para su consulta, incluso si requieren autenticación.
  + **Interoperable (Interoperables):** compatibles con otros sistemas y lenguajes estándar.
  + **Reusable (Reutilizables):** descritos con suficiente detalle para ser reutilizados en distintos contextos.
]

.left[.footnote[.black[
Información proveniente de [datos.gob.es](https://datos.gob.es/es/noticia/principios-fair-buenas-practicas-para-la-gestion-y-administracion-de-datos-cientificos) [Florecia D´Andrea](https://flor14.github.io/rladies-jujuy/presentacion.html?panelset=compendio&panelset1=bibliograf%25C3%25ADa#7) y [Miriam Lerma](https://miriamll.github.io/teaching_R_Rmd/Repro#7). Imagen proveniente de [The Turing Way Community, & Scriberia. (2020).](https://zenodo.org/records/3695300)]]]

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## Credibilidad

.pull-left[
Al hacer nuestro trabajo reproducible.
Podemos:

- Evitar desastres al permitir detección de errores
- Escribir mas fluido
- Asegurar la continuidad
- Mejorar la credibilidad/transparencia
- Evitar retracciones de articulos
- Anota todo lo que hiciste:
  + ¿De dónde descargaste los datos?
  + ¿Cuáles son las suposiciones acerca de los datos iniciales?
  + ¿Qué hacia esa función compleja y rebuscada que pensaste era una joya en su momento?

]

.pull-right[
<img src="data:image/png;base64,#figures/reproducibility_court.png" width="120%" style="display: block; margin: auto;" />
]

.content-box-gray[
Por ejemplo, evitando casos como: [revistas retiran articulos sobre COVID debido a falta de integridad en los datos](https://www.science.org/content/article/two-elite-medical-journals-retract-coronavirus-papers-over-data-integrity-questions).
]

.left[.footnote[.black[
Información proveniente de [Miriam Lerma](https://miriamll.github.io/teaching_R_Rmd/Repro#8) y [Heladia Salgado](https://lcg-cursos.github.io/material/introbioinfo/L2-buenas-practicas.html#44). Imagen tomada de: [Allison Horst](https://allisonhorst.com/allison-horst) ]]]

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## Código reproducible 🌟

.pull-left[
### Contenedores ⚡

.pull-left[
- [Docker](https://docs.docker.com/) 
- [Singularity](https://docs.sylabs.io/guides/3.5/user-guide/introduction.html)
- [Apptainer](https://apptainer.org/)
]

.pull-right[
<img src="data:image/png;base64,#figures/SingularityLogo.png" width="50%" style="display: block; margin: auto 0 auto auto;" />
]

Se puede almacenar todo el workflow, archivos, generando código reproducible y cooperativo.

> Manual de uso de [Singularity](https://docs.sylabs.io/guides/3.5/user-guide/).

]

.pull-right[

.pull-left[
### Crear pipelines completos 🌀

- [Nextflow](https://training.nextflow.io/es/) 
- [Snakemake](https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/tutorial/tutorial.html)
]

.pull-right[
<img src="data:image/png;base64,#figures/nf-core-logo.png" width="80%" style="display: block; margin: auto 0 auto auto;" />
]

.content-box-gray[
Curso de Nextflow en los [VieRnes de Bioinformática (2024)](https://github.com/EveliaCoss/ViernesBioinfo2024#viernes-22-23-y-24-nextflow) con el Dr. Israel Aguilar.
]

]

---

## Vulnerabilidad crítica en Docker <svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 640 512" style="height:1em;width:1.25em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:blue;overflow:visible;position:relative;"><path d="M349.9 236.3h-66.1v-59.4h66.1v59.4zm0-204.3h-66.1v60.7h66.1V32zm78.2 144.8H362v59.4h66.1v-59.4zm-156.3-72.1h-66.1v60.1h66.1v-60.1zm78.1 0h-66.1v60.1h66.1v-60.1zm276.8 100c-14.4-9.7-47.6-13.2-73.1-8.4-3.3-24-16.7-44.9-41.1-63.7l-14-9.3-9.3 14c-18.4 27.8-23.4 73.6-3.7 103.8-8.7 4.7-25.8 11.1-48.4 10.7H2.4c-8.7 50.8 5.8 116.8 44 162.1 37.1 43.9 92.7 66.2 165.4 66.2 157.4 0 273.9-72.5 328.4-204.2 21.4.4 67.6.1 91.3-45.2 1.5-2.5 6.6-13.2 8.5-17.1l-13.3-8.9zm-511.1-27.9h-66v59.4h66.1v-59.4zm78.1 0h-66.1v59.4h66.1v-59.4zm78.1 0h-66.1v59.4h66.1v-59.4zm-78.1-72.1h-66.1v60.1h66.1v-60.1z"/></svg>

.pull-left[
<img src="data:image/png;base64,#figures/docker.jpeg" width="80%" style="display: block; margin: auto 0 auto auto;" />
]

.pull-right[
- La vulnerabilidad permite acceso privilegiado a través de la API del Docker Engine sin requerir autentificación. Afecta incluso con aislamiento mejorado (ECI).
- Se supone que se "solucionó" el problema en la versión 4.44.3, por lo que, se recomienda la actualización inmediata.
]

.content-box-gray[
En el cluster DNA y Fenix de LAVIS se encuentra bloqueado Docker. No encontrarás un módulo con su nombre.
]

---

## Repositorios digitales abiertos

Contar con repositorios digitales de acceso **abierto** diseñado para **almacenar, compartir y preservar productos** de investigación científica.

.panelset[
.panel[.panel-name[Repositorios académicos y científicos]

| Página web    | Descripción breve                                                             |
|---------------|-------------------------------------------------------------------------------|
| [Figshare](https://figshare.com/) | Ideal para compartir datasets, figuras, presentaciones y multimedia con DOI.       |
| [bioRxiv](https://www.biorxiv.org/) / [medRxiv](https://www.medrxiv.org/)  | Preprints en biología y medicina, respectivamente.                       |

]

.panel[.panel-name[Repositorios de software y código]

| Repositorio   |  Enfoque principal                                                            |
|---------------|-------------------------------------------------------------------------------|
| [GitHub](https://github.com/)        | Desarrollo colaborativo de software, documentación y automatización.          |
| [GitLab](https://about.gitlab.com/gitlab-duo/agent-platform/)        | Similar a GitHub, con más control sobre privacidad y CI/CD integrado.         |
| [Bitbucket](https://bitbucket.org/product/)     | Integración con Jira y herramientas ágiles, útil para equipos técnicos.       |
| [Zenodo](https://zenodo.org/)      | Publicación de software, datasets y documentación con DOI; integración directa con GitHub para versionado y citación reproducible. Ideal para proyectos científicos y educativos.  |

]
]

---
class: inverse, center, middle

---

## Zenodo

**Zenodo** es un repositorio de acceso abierto operado por [CERN (Organización Europea para la Investigación Nuclear)](https://www.home.cern/).

.pull-left[

Permite que se depositen allí **artículos de investigación, datos, software, informes y otro tipo de objeto digital** relacionado con la investigación.

> La ventaja frente a GitHub es que asigna un **Digital Object Identifier (DOI).**

]

.pull-right[
<img src="data:image/png;base64,#figures/DOI.jpg" width="100%" style="display: block; margin: auto 0 auto auto;" />
]

.left[.footnote[.black[
Imagen tomada de: [The Turing Way Community, & Scriberia (2020)](http://doi.org/10.5281/zenodo.3695300)
]]]

---

## 🔍 ¿Para qué sirve Zenodo?

- **Publicar artículos, datasets, software y más:** Puedes subir desde papers y conjuntos de datos hasta scripts, presentaciones y materiales didácticos.
- **Asignar DOI automáticamente:** Cada archivo recibe un identificador digital persistente (DOI), lo que facilita su citación y trazabilidad.
- **Cumplir con políticas de ciencia abierta:** Ideal para proyectos financiados por organismos que exigen acceso abierto.
- **Crear comunidades temáticas:** Puedes agrupar tus publicaciones en colecciones colaborativas.
- **Versionado y licencias:** Permite subir nuevas versiones de un mismo trabajo y elegir licencias como CC BY 4.0.

---

## Zenodo en publicaciones

Cada vez más revistas exigen que los autores incluyan **datos y/o código** como parte integral de sus publicaciones, promoviendo la transparencia y la reproducibilidad.

Por ejemplo:

- [**Frontiers**](https://helpcenter.frontiersin.org/s/article/What-do-I-need-to-disclose): Solicita que todos los datos relevantes para las conclusiones del manuscrito estén disponibles públicamente y citados adecuadamente, conforme a sus lineamientos editoriales.

- [**PLOS ONE**](https://journals.plos.org/plosone/s/data-availability): Exige que los autores incluyan una sección específica que redirija al repositorio público donde los datos están accesibles, o bien que los datos estén incorporados directamente en el artículo.

---

## Visualización de Zenodo (ejemplo)

.left[.footnote[.black[
Imagen tomada de: [Zenodo now supports DOI versioning!](https://blog.zenodo.org/2017/05/30/doi-versioning-launched/)
]]]

---

## Ejemplo práctico: Paquete `palmerpenguins`

Si estás desarrollando un paquete en R, puedes subir el **código, documentación, ejemplos y datasets a Zenodo.** Al vincularlo con GitHub, incluso puedes generar un DOI para cada release del repositorio.

.pull-left[
<img src="data:image/png;base64,#figures/palmerpenguins.png" width="60%" style="display: block; margin: auto;" />
]

.pull-right[
- Paquete en CRAN: [palmerpenguins](https://allisonhorst.github.io/palmerpenguins/articles/intro.html)
- GitHub: [palmerpenguins](https://github.com/allisonhorst/palmerpenguins/)
- Zenodo del paquete: [allisonhorst/palmerpenguins: v0.1.0](https://zenodo.org/records/3960218)
- Zenodo de los datos: [datos de palmerpenguins](https://zenodo.org/records/14902740)

<img src="data:image/png;base64,#figures/culmen_depth.png" width="60%" style="display: block; margin: auto;" />
]

---

## Citar Zenodo

Debes incluir un ejemplo de cómo citar tu material en el README o documentación.

``` r
citation("palmerpenguins")
# To cite palmerpenguins in publications use:
# 
#   Horst AM, Hill AP, Gorman KB (2020). palmerpenguins: Palmer
#   Archipelago (Antarctica) penguin data. R package version 0.1.0.
#   https://allisonhorst.github.io/palmerpenguins/. doi:
#   10.5281/zenodo.3960218.
# 
# A BibTeX entry for LaTeX users is
# 
#   @Manual{,
#     title = {palmerpenguins: Palmer Archipelago (Antarctica) penguin data},
#     author = {Allison Marie Horst and Alison Presmanes Hill and Kristen B Gorman},
#     year = {2020},
#     note = {R package version 0.1.0},
#     doi = {10.5281/zenodo.3960218},
#     url = {https://allisonhorst.github.io/palmerpenguins/},
#   }
```

---

class: inverse, center, middle

---

## ¿Qué es Git?

**Git** es un sistema de **control de versiones** distribuido (VCS-Version Control System.

.pull-left[
<img src="data:image/png;base64,#figures/git_logo.png" width="60%" style="display: block; margin: auto;" />
]

.pull-right[
- Permite registrar los cambios en archivos (especialmente código) a lo largo del tiempo, facilitando:
  + Volver a versiones anteriores
  + Comparar cambios entre versiones
  + Trabajar en paralelo con otros sin perder trazabilidad
  + Crear ramas para desarrollar nuevas funciones sin afectar el código principal
]

Cada “snapshot” o confirmación (commit) es como una foto del estado del proyecto en ese momento.

---

## ¿Qué es GitHub?

.pull-left[
<img src="data:image/png;base64,#figures/github_logo.png" width="60%" style="display: block; margin: auto;" />
]

.pull-right[
- **GitHub** es una plataforma en línea que aloja **repositorios Git**. Permite:
  + Compartir proyectos públicamente o en privado
  + Colaborar con otros mediante solicitudes de cambio (pull requests)
  + Documentar, rastrear errores y gestionar versiones
  + Integrar flujos de trabajo reproducibles y abiertos
  + **Tener un respaldo de tu proyecto**
]

---

## Actividad individual: Regitrarse en GitHub

.content-box-blue[
1. Para usar GitHub hay que ingresar a la página [GitHub](https://github.com/)
2. Dar click en **Registrarse**.
3. Como alternativa, haz clic en **Continue with Google** para registrarte con el inicio de sesión de redes sociales.
4. Sigue las indicaciones para crear tu cuenta personal.
]

---

## Spoiler: En la siguiente clase veremos Markdown

**GitHub** no solo aloja código: también **documenta proyectos de forma clara, reproducible y colaborativa**. Para lograrlo, emplea *Markdown*, un lenguaje ligero que permite:

- Escribir documentación técnica con formato (títulos, listas, enlaces, tablas)
- Crear archivos `README`, tutoriales y bitácoras reproducibles
- Facilitar la comunicación entre colaboradores en ciencia abierta

📚 Por eso, en la próxima clase aprenderemos Markdown: **Una herramienta esencial para documentar tus proyectos en GitHub de forma clara, ética y reproducible.**

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## 📚 Tarea: Miniresumen personal + foto para tu repositorio

.pull-left[
- Escribe un **miniresumen** en texto plano sobre ti. Debe tener entre 5 y 10 líneas.
- Puedes usar [emojis](https://gist.github.com/rxaviers/7360908) para representar tus gustos, intereses o personalidad
- El texto debe incluir:
  + Tus intereses académicos o personales
  + Qué te gusta hacer en tu tiempo libre
  + Qué te motiva a aprender ciencia o programación
  + Algún dato curioso o divertido sobre ti
]
  
.pull-right[
<img src="data:image/png;base64,#figures/ECoss.png" width="100%" style="display: block; margin: auto 0 auto auto;" />
Mi ejemplo: [EveliaCoss](https://github.com/EveliaCoss/EveliaCoss)
]

---

class: center, middle

Gracias por tu atención, respira y coméntame tus dudas.