Conceptos básicos de bioinformática y pseudocódigo

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.center-column[
# Conceptos básicos de bioinformática y pseudocódigo
### ⚔<br/>Nivel básico

####Dra. Evelia Coss 
#### 2023/09/22
]

.left[.footnote[R-Ladies Theme[R-Ladies Theme](https://www.apreshill.com/project/rladies-xaringan/)]]

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# Sobre mi
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.left-col[

### <svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 448 512" style="height:1em;width:0.88em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#181818;overflow:visible;position:relative;"><path d="M416 0c17.7 0 32 14.3 32 32c0 59.8-30.3 107.5-69.4 146.6c-28 28-62.5 53.5-97.3 77.4l-2.5 1.7c-11.9 8.1-23.8 16.1-35.5 23.9l0 0 0 0 0 0-1.6 1c-6 4-11.9 7.9-17.8 11.9c-20.9 14-40.8 27.7-59.3 41.5H283.3c-9.8-7.4-20.1-14.7-30.7-22.1l7-4.7 3-2c15.1-10.1 30.9-20.6 46.7-31.6c25 18.1 48.9 37.3 69.4 57.7C417.7 372.5 448 420.2 448 480c0 17.7-14.3 32-32 32s-32-14.3-32-32H64c0 17.7-14.3 32-32 32s-32-14.3-32-32c0-59.8 30.3-107.5 69.4-146.6c28-28 62.5-53.5 97.3-77.4c-34.8-23.9-69.3-49.3-97.3-77.4C30.3 139.5 0 91.8 0 32C0 14.3 14.3 0 32 0S64 14.3 64 32H384c0-17.7 14.3-32 32-32zM338.6 384H109.4c-10.1 10.6-18.6 21.3-25.5 32H364.1c-6.8-10.7-15.3-21.4-25.5-32zM109.4 128H338.6c10.1-10.7 18.6-21.3 25.5-32H83.9c6.8 10.7 15.3 21.3 25.5 32zm55.4 48c18.4 13.8 38.4 27.5 59.3 41.5c20.9-14 40.8-27.7 59.3-41.5H164.7z"/></svg> Dra. Evelia Lorena Coss-Navarrete

Investigadora Posdoctoral en el Laboratorio Internacional de Investigación sobre el Genoma Humano [(LIIGH), UNAM](https://twitter.com/LIIGH_UNAM), campus Juriquilla

[<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 640 512" style="height:1em;width:1.25em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:currentColor;overflow:visible;position:relative;"><path d="M579.8 267.7c56.5-56.5 56.5-148 0-204.5c-50-50-128.8-56.5-186.3-15.4l-1.6 1.1c-14.4 10.3-17.7 30.3-7.4 44.6s30.3 17.7 44.6 7.4l1.6-1.1c32.1-22.9 76-19.3 103.8 8.6c31.5 31.5 31.5 82.5 0 114L422.3 334.8c-31.5 31.5-82.5 31.5-114 0c-27.9-27.9-31.5-71.8-8.6-103.8l1.1-1.6c10.3-14.4 6.9-34.4-7.4-44.6s-34.4-6.9-44.6 7.4l-1.1 1.6C206.5 251.2 213 330 263 380c56.5 56.5 148 56.5 204.5 0L579.8 267.7zM60.2 244.3c-56.5 56.5-56.5 148 0 204.5c50 50 128.8 56.5 186.3 15.4l1.6-1.1c14.4-10.3 17.7-30.3 7.4-44.6s-30.3-17.7-44.6-7.4l-1.6 1.1c-32.1 22.9-76 19.3-103.8-8.6C74 372 74 321 105.5 289.5L217.7 177.2c31.5-31.5 82.5-31.5 114 0c27.9 27.9 31.5 71.8 8.6 103.9l-1.1 1.6c-10.3 14.4-6.9 34.4 7.4 44.6s34.4 6.9 44.6-7.4l1.1-1.6C433.5 260.8 427 182 377 132c-56.5-56.5-148-56.5-204.5 0L60.2 244.3z"/></svg> Dra Alejandra Medina-Rivera](https://liigh.unam.mx/profile/dra-alejandra-medina-rivera/)

[<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 496 512" style="height:1em;width:0.97em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:currentColor;overflow:visible;position:relative;"><path d="M165.9 397.4c0 2-2.3 3.6-5.2 3.6-3.3.3-5.6-1.3-5.6-3.6 0-2 2.3-3.6 5.2-3.6 3-.3 5.6 1.3 5.6 3.6zm-31.1-4.5c-.7 2 1.3 4.3 4.3 4.9 2.6 1 5.6 0 6.2-2s-1.3-4.3-4.3-5.2c-2.6-.7-5.5.3-6.2 2.3zm44.2-1.7c-2.9.7-4.9 2.6-4.6 4.9.3 2 2.9 3.3 5.9 2.6 2.9-.7 4.9-2.6 4.6-4.6-.3-1.9-3-3.2-5.9-2.9zM244.8 8C106.1 8 0 113.3 0 252c0 110.9 69.8 205.8 169.5 239.2 12.8 2.3 17.3-5.6 17.3-12.1 0-6.2-.3-40.4-.3-61.4 0 0-70 15-84.7-29.8 0 0-11.4-29.1-27.8-36.6 0 0-22.9-15.7 1.6-15.4 0 0 24.9 2 38.6 25.8 21.9 38.6 58.6 27.5 72.9 20.9 2.3-16 8.8-27.1 16-33.7-55.9-6.2-112.3-14.3-112.3-110.5 0-27.5 7.6-41.3 23.6-58.9-2.6-6.5-11.1-33.3 2.6-67.9 20.9-6.5 69 27 69 27 20-5.6 41.5-8.5 62.8-8.5s42.8 2.9 62.8 8.5c0 0 48.1-33.6 69-27 13.7 34.7 5.2 61.4 2.6 67.9 16 17.7 25.8 31.5 25.8 58.9 0 96.5-58.9 104.2-114.8 110.5 9.2 7.9 17 22.9 17 46.4 0 33.7-.3 75.4-.3 83.6 0 6.5 4.6 14.4 17.3 12.1C428.2 457.8 496 362.9 496 252 496 113.3 383.5 8 244.8 8zM97.2 352.9c-1.3 1-1 3.3.7 5.2 1.6 1.6 3.9 2.3 5.2 1 1.3-1 1-3.3-.7-5.2-1.6-1.6-3.9-2.3-5.2-1zm-10.8-8.1c-.7 1.3.3 2.9 2.3 3.9 1.6 1 3.6.7 4.3-.7.7-1.3-.3-2.9-2.3-3.9-2-.6-3.6-.3-4.3.7zm32.4 35.6c-1.6 1.3-1 4.3 1.3 6.2 2.3 2.3 5.2 2.6 6.5 1 1.3-1.3.7-4.3-1.3-6.2-2.2-2.3-5.2-2.6-6.5-1zm-11.4-14.7c-1.6 1-1.6 3.6 0 5.9 1.6 2.3 4.3 3.3 5.6 2.3 1.6-1.3 1.6-3.9 0-6.2-1.4-2.3-4-3.3-5.6-2z"/></svg> EveliaCoss.github.io](https://eveliacoss.github.io/)

]

.center-col[

### <svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 576 512" style="height:1em;width:1.12em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#181818;overflow:visible;position:relative;"><path d="M287.9 0c9.2 0 17.6 5.2 21.6 13.5l68.6 141.3 153.2 22.6c9 1.3 16.5 7.6 19.3 16.3s.5 18.1-5.9 24.5L433.6 328.4l26.2 155.6c1.5 9-2.2 18.1-9.6 23.5s-17.3 6-25.3 1.7l-137-73.2L151 509.1c-8.1 4.3-17.9 3.7-25.3-1.7s-11.2-14.5-9.7-23.5l26.2-155.6L31.1 218.2c-6.5-6.4-8.7-15.9-5.9-24.5s10.3-14.9 19.3-16.3l153.2-22.6L266.3 13.5C270.4 5.2 278.7 0 287.9 0zm0 79L235.4 187.2c-3.5 7.1-10.2 12.1-18.1 13.3L99 217.9 184.9 303c5.5 5.5 8.1 13.3 6.8 21L171.4 443.7l105.2-56.2c7.1-3.8 15.6-3.8 22.6 0l105.2 56.2L384.2 324.1c-1.3-7.7 1.2-15.5 6.8-21l85.9-85.1L358.6 200.5c-7.8-1.2-14.6-6.1-18.1-13.3L287.9 79z"/></svg> Miembro

- [LupusRGMX](https://twitter.com/LupusRgmx)

- [Proyecto JAGUAR](https://twitter.com/PJaguarLATAM)

- [Rladies Morelia](https://www.facebook.com/profile.php?id=100093337606435)

- [CDSB - Mexico](https://twitter.com/CDSBMexico)

- [RIABIO](https://twitter.com/RiaBioNet)
]

.right-col[

### <svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" style="height:1em;width:1em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#181818;overflow:visible;position:relative;"><path d="M418.4 157.9c35.3-8.3 61.6-40 61.6-77.9c0-44.2-35.8-80-80-80c-43.4 0-78.7 34.5-80 77.5L136.2 151.1C121.7 136.8 101.9 128 80 128c-44.2 0-80 35.8-80 80s35.8 80 80 80c12.2 0 23.8-2.7 34.1-7.6L259.7 407.8c-2.4 7.6-3.7 15.8-3.7 24.2c0 44.2 35.8 80 80 80s80-35.8 80-80c0-27.7-14-52.1-35.4-66.4l37.8-207.7zM156.3 232.2c2.2-6.9 3.5-14.2 3.7-21.7l183.8-73.5c3.6 3.5 7.4 6.7 11.6 9.5L317.6 354.1c-5.5 1.3-10.8 3.1-15.8 5.5L156.3 232.2z"/></svg> Formación académica

- Doctorado en Biotecnología de Plantas, [Cinvestav, Langebio](https://twitter.com/uga_langebio),  [<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 640 512" style="height:1em;width:1.25em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:currentColor;overflow:visible;position:relative;"><path d="M579.8 267.7c56.5-56.5 56.5-148 0-204.5c-50-50-128.8-56.5-186.3-15.4l-1.6 1.1c-14.4 10.3-17.7 30.3-7.4 44.6s30.3 17.7 44.6 7.4l1.6-1.1c32.1-22.9 76-19.3 103.8 8.6c31.5 31.5 31.5 82.5 0 114L422.3 334.8c-31.5 31.5-82.5 31.5-114 0c-27.9-27.9-31.5-71.8-8.6-103.8l1.1-1.6c10.3-14.4 6.9-34.4-7.4-44.6s-34.4-6.9-44.6 7.4l-1.1 1.6C206.5 251.2 213 330 263 380c56.5 56.5 148 56.5 204.5 0L579.8 267.7zM60.2 244.3c-56.5 56.5-56.5 148 0 204.5c50 50 128.8 56.5 186.3 15.4l1.6-1.1c14.4-10.3 17.7-30.3 7.4-44.6s-30.3-17.7-44.6-7.4l-1.6 1.1c-32.1 22.9-76 19.3-103.8-8.6C74 372 74 321 105.5 289.5L217.7 177.2c31.5-31.5 82.5-31.5 114 0c27.9 27.9 31.5 71.8 8.6 103.9l-1.1 1.6c-10.3 14.4-6.9 34.4 7.4 44.6s34.4 6.9 44.6-7.4l1.1-1.6C433.5 260.8 427 182 377 132c-56.5-56.5-148-56.5-204.5 0L60.2 244.3z"/></svg> Dra Selene Fernandez-Valverde](https://twitter.com/SelFdz)

- Maestría en Biotecnología de Plantas, [Cinvestav, Unidad Irapuato](https://twitter.com/CinvestavIra)

- Ing. en Biotecnología, [UPSIN](https://www.facebook.com/UPSINSINALOA)

]

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## Bioinformática se conforma de la computación, biológica, matemáticas y estadística

La bioinformática, en relación con la **genética y la genómica**, es una **subdisciplina científica** que implica el uso de **ciencias informáticas** para *recopilar, almacenar, analizar, diseminar datos biológicos*, como secuencias de ADN y aminoácidos o anotaciones sobre esas secuencias [NIH, 2023](https://www.genome.gov/es/genetics-glossary/Bioinformatica).

Uno de sus objetivos es: **Aumentar el entendimiento de la salud y la enfermedad, en ciertos casos, se usan para proveer mejor atención médica** [NIH, 2023](https://www.genome.gov/es/genetics-glossary/Bioinformatica).

.left[
NIH: National Human Genome Research Institute
]

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## Ciencia de datos

- La ciencia de datos se dedica al estudio de grandes **bases de datos** complejos que se amasan a través de múltiples proyectos de investigación (ejemplo: [gapminder](https://www.gapminder.org/), [BioProject](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/)).

- Tambien puede guiar en decisiones comerciales.

- Con respecto a los estudios genómicos, ese trabajo requiere experiencia en disciplinas **científicas cuantitativas**, como *bioinformática, biología computacional y bioestadística*.

.content-box-gray[
Ejemplo: Certificado profesional de [Google Data Analytics](https://www.coursera.org/professional-certificates/google-data-analytics)
]

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## La bioinformática dentro de la genómica

1) **Calidad de los datos**. Paso **FUNDAMENTAL**. Incluye la manipulación y limpieza.

2) **Análisis estadístico**

>EJEMPLO: Significancia estadística, significancia biológica, modelos estadísticos acorde al problema.

3) **Generar interpretaciones de los experimentos.** Conocer el método empleado y los archivos de salida.

> EJEMPLOS:
> Con los datos de RNA-Seq estaremos analizando expresión de los genes.
> Con datos de GWAS estaremos buscando variantes genéticas.

4) **Bioinformática predictiva**

>EJEMPLO: Predicciones de funciones, elementos genómicos, redes de co-expresión, etc

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## Un algoritmo nos permite resolver un problema

Un algoritmo es un método para resolver un problema mediante una serie de pasos **definidos, precisos** y **finitos**.

- **Preciso**: implica el *orden* de realización de cada uno de los pasos.

- **Definido**: si se sigue dos veces, se obtiene el mismo resultado. Es *reproducible*.

- **Finito**: Tiene un numero determinado de pasos, implica que tiene un *fin*.

Un algoritmo podemos definirlo como un programa. Ejemplo: Un **paquete** de instalacion en R es un programa.

.content-box-gray[
**EJEMPLO:**

> **Problema:** No me gusta dedicarle tiempo a crear diapositivas bonitas. Me gusta mas enfocarme en el contenido. Entonces utilice el paquete [📦 Xaringan <img src="data:image/png;base64,#imagenes/hex-xaringan.png" width="25px"/>](https://github.com/yihui/xaringan#xaringan) para resolver mi problema.

> El paquete Xaringan es un algoritmo. Que me permitio resolver mi problema.

]

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## Pseudocódigo

- El pseudocódigo es una manera de escribir algoritmos de forma *poco estricta* (con una sintaxis relajada) o estructura de *datos poco detalladas*. Intentando organizar los **pasos necesarios** para generar el algoritmo.

- **Lenguaje sencillo y fácil de leer para las personas**.

- Los pasos descritos **pueden posteriormente traducirse en algún lenguaje de programación**, con la ventaja de no estar regido por las normas de un lenguaje de programación en particular.

- El pseudocódigo tambien va a utilizar una serie de *palabras claves* o palabras especies que va a indicarnos lo que significa el algoritmo.

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## Importancia de aprender Pseudocódigo

- **Es la base de cualquier lenguaje de programación**.

- Si tu aprendes pseudocódigo puedes **escalar lo aprendido a TODOS los lenguajes de programación**.

- Puedes usar el pseudocódigo para **encontrar ejemplos en internet para poder resolver tu problema**.

- En el mundo de la Bioinformática / programación vamos a emplear las palabras *Código o Script* para hacer referencia a un algoritmo.

- **Mayor facilidad en la comprension del código o Script de los creadores de diversos paquetes (programas).**

---

## Alguien ya resolvió ese problema años antes o uno similar, nunca dudes de buscar en internet… también está chat GPT

.center[
<img src="imagenes/meme_preguntas.jpg", width="500" height="400">

]

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## Pasos

.pull-left[
1. Análisis del problema / Definir el problema

2. Diseño del algoritmo / Diseño del programa

3. Codificación / Escribir el código

4. Compilación y ejecución del programa

5. Verificación / Realizar pruebas

6. Depuración / Detectar los errores y corregirlos

7. Documentación
]

.pull-right[
<img src="img/homersapien.jpg"; width="500" height="300">
]

---

## Paso 1: Análisis del problema / Definir el problema

.pull-left[
> **Problema:** Realizar un algoritmo que solicite al usuario dos numeros enteros, realice su suma y la imprima en pantalla.

]

.pull-right[.center[
<img src="img/Homero_inteligente.jpg"; width="500" height="300">
]
]

---

## Paso 2: Diseño del algoritmo / Diseño del programa

- ¿Cuáles son las variables o datos necesarios para ejecutar el programa (*input*)?

- ¿Qué es lo que tengo que hacer para resolver el problema?

- ¿Cuáles son las variables o datos de salida (*output*)?

.center[
<img src="https://i0.wp.com/codigoespagueti.com/wp-content/uploads/2015/03/Homero-Simpson-predijo-la-masa-del-Boson-de-Higgs.jpg",width="500" height="400">
]

---

## Ejercicio

> **Problema:** Realizar un algoritmo que solicite al usuario dos numeros enteros, realice su suma y la imprima en pantalla.

----

```r
# ---Algoritmo(Sumar)---

#- Input: Declarar variables (a y b). 
#- Output: Resultado de la suma (variable c).

#- Pasos:

# --INICIO--

# 1) Solicitar al usuario los datos de entrada.
# 2) Realizar la suma de los datos de entrada.
# 3) Mostrar el resultado.
  
# --FIN_INICIO--

# --- Fin_de_Algoritmo(Sumar) ---
```

---

## Ejercicio

> **Problema:** Realizar un algoritmo que solicite al usuario *dos numeros enteros*, realice su suma y la imprima en pantalla.

----

Traduccion a Pseudocódigo:

```r
# ---Algoritmo(Sumar)---
# 1) Solicitar al usuario los datos de entrada.

# --INICIO--
ESCRIBA("Digite el primer numero (entero)")
Lea(a)
ESCRIBA("Digite el segundo numero (entero)")
Lea(b)

# 2) Realizar la suma de los datos de entrada.
c <- a + b

# 3) Mostrar el resultado.
ESCRIBA("La suma es:", c)

# --FIN_INICIO--
# --- Fin_de_Algoritmo(Sumar) ---
```

---

## Diagramas de flujo

Nos permiten ilustrar los pasos contenidos en un algoritmo.

.left-col[
<img src="img/DiagramaF1.png"; width="500" height="400"> 
]

.center-col[
<img src="img/DiagramaF2.png"; width="500" height="400">

]

.right-col[
<img src="img/DiagramaF3.png"; width="500" height="100">

]

Imagenes tomadas de [Lucidchart](https://www.lucidchart.com/pages/es/que-es-un-diagrama-de-flujo)

Pueden generar sus diagramas en Powerpoint, [Canva](https://www.canva.com/graphs/workflow-diagrams/), en [R](https://hbiostat.org/rflow/doverview.html), [Lucidchart](https://www.lucidchart.com/pages/es/que-es-un-diagrama-de-flujo),  etc.

---

## Diagrama de flujo de la sumatoria

.center[
<img src="imagenes/Flowchart_ejemplo1.png">
]

---

## Lenguajes de programación

Todo lo anterior está bien, pero ahora como hago que la computadora ejecute el algoritmo.

.pull-left[.center[
<img src="img/MatarFlanders.jpeg", width="300" height="300">
]
]

.pull-right[

En Bioinformática los lenguajes de programación más empleados para:

- Manipulación de datos son: **R, Python y Bash (shell)**. 
- Limpieza de datos de secuenciación: **Python y Bash (shell)**. 
- Generar graficas: **R y Python**

]

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## Empezando a usar R

- Declaración de variables en R

```r
a <- 3
b <- 1
```

- Operaciones matemáticas en R

```r
3 + 1
# [1] 4
a + b
# [1] 4
```

- Almacenar resultados en una nueva variable

```r
3 + 1
# [1] 4
c <- a + b
c
# [1] 4
print(c)
# [1] 4
```

---

## Paso 3: Codificación / Escribir el código

> **Problema:** Realizar un algoritmo que solicite al usuario *dos numeros enteros*, realice su suma y la imprima en pantalla.

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```r
# ---Algoritmo(Sumar)---
# 1) Solicitar al usuario los datos de entrada (variable a y b).
# --INICIO--
{
    a <- readline("Digite el primer numero: ");
    b <- readline("Digite el segundo numero: ");
}
# Convertir la entrada en numeros enteros
a <- as.integer(a);
b <- as.integer(b);

# 2) Realizar la suma de los datos de entrada.
c <- a + b 
 
# 3) Mostrar el resultado.
print(c)
# --FIN_INICIO--
# --- Fin_de_Algoritmo(Sumar) ---
```

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## Paso 4: Compilación y ejecución del programa

.center[
<img src="img/Boton.jpg">
]

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## Paso 4: Compilación y ejecución del programa

> **Problema:** Realizar un algoritmo que solicite al usuario *dos numeros enteros*, realice su suma y la imprima en pantalla.

# 2) Realizar la suma de los datos de entrada.
c <- a + b 
 
# 3) Mostrar el resultado.
print(c)
# --FIN_INICIO--
# --- Fin_de_Algoritmo(Sumar) ---
```

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## Entendiendo el funcionamiento del código

.center[
<img src="imagenes/Flowchart_ejemplo1_p2.png">
]

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## Paso 5: Verificación / Realizar pruebas

R arroja en mensajes los *errores* encontrados en el Código. A veces unos más claros que otros.

Como recomendación **SIEMPRE usa R en su versión en inglés**. De esta manera puedes encontrar la respuesta a tu problema más rápido, solo necesitaras copiarlo y pegarlo en tu navegador.

Debes tomar en cuenta:

- No dejar espacios cuando declaras una variable. EJEMPLO: mi variable.

- Cuida la escritura de tus variables. No repitas el mismo nombre porque esta variable se sobrescribe.

- Siempre verifica la declaración de tu variable en el ambiente (Environment), si no existe R te arrojara error.

- Carga siempre los paquetes que vas a usar **ANTES de ejecutar el código**.

- Realiza pruebas para verificar la salida de tu programa.

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## Paso 6: Depuración / Detectar los errores y corregirlos

> **Problema:** Realizar un algoritmo que solicite al usuario *dos numeros enteros*, realice su suma y la imprima en pantalla.

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```r
# Verificar el formato de las variables
str(a)
#  num 3
str(b)
#  num 1
str(c)
#  num 4

# O pueden buscar el de todas las variables
str(a,b,c)
#  num 3
```

EJERCICIO:

> 1. Realiza la suma de 7 + 6 e imprime el resultado.
> 2. Realizar un algoritmo que solicite al usuario *3 numeros enteros*, realice su suma y la imprima en pantalla
> Volver a correr el código y verificar la salida.

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## Paso 7: Documentación

.content-box-gray[
- *Autor (author)*: Su nombre

- *Dia (date)*: Fecha de creación

- *Paquetes (packages)*

- *Directorio de trabajo (Working directory)*: En que carpeta se encuentra tu datos y programa.

- *Información descriptiva del programa (Description)*: ¿Para qué sirve el programa? Ej: El siguiente programa realiza la suma de dos numeros enteros a partir de la entrada del usuario y posteriormente la imprime en pantalla.

- *Usage* ¿Cómo se utiliza?

- *Argumentos (Arguments)*

- *Información de entrada (Data Inputs)*: Ej: Solo numeros enteros (sin decimales).

- *Información de salida (Outpus)*: Graficas, figuras, tablas, etc.

]
---

.center[
<img src="imagenes/meme_documentacion.jpg">

]

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## Ejemplo: Función suma

Google :  [Sum Function usage](https://www.rdocumentation.org/packages/base/versions/3.6.2/topics/sum)

.center[
<img src="imagenes/sum_function.png", width="500" height="400">

]

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## Ejercicio

1) ¿Cuál es el error del siguiente código?

```r
my_variable <- 10
my_varable

#Error: object 'my_varable' not found
```

> NOTA: Es importante mantener la jerarquia de operaciones.

2) Obten el resultado de las siguientes operaciones

```r
2+3*7-6/3
# [1] 21
(2+3)*7-(6/3)
# [1] 33
(2+3)*(7-6)/3
# [1] 1.666667
```

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## Ejercicio

3) Obtener perímetro de un rectángulo que mide 7 cm de ancho (altura, h) y 10 cm de largo (base, b). Genera su diagrama de flujo e imprime su resultado.

.center[
<img src="imagenes/rectangulo.jpg", width="300" height="100">
]

```r
# 1) Declarar las variables
b <- 10
h <- 7

P <- 2*(b + h) # 2) Realizar el calculo del perimetro
print(P) # 3) Mostrar el resultado.
# [1] 34
```

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## Siempre toma lo mejor de los mejores y aprende de sus códigos

.center[
<img src="imagenes/meme_bioinfo.jpg", width="500" height="400">

]

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# Bibliografias

- Bioinformatica, NIH, 2023 (https://www.genome.gov/es/genetics-glossary/Bioinformatica)

- Bioinformática:  “Welcome to the Welcome”, Julio Collado Vides, CCG.

- Pseudocodigo, Diagramas de Flujo y algo de C de [Pascual Coronel](https://slideplayer.es/slide/13658656/)

- [R: Introduction and Data Management](https://bouchat.github.io/IntroDataMgmt20Jan.html)