Workshop Bash 2024
Información general
El contenido de este curso se realizó en base al material de un grupo de estudio realizado por el RSG Ecuador. La literatura adicional se especifica en cada tema de forma pertinente.
Fechas: 22 y 24 octubre 2024
Duración del curso: 3 horas
Instructora:
- Evelia Lorena Coss-Navarrete - PostDoc, LIIGH-UNAM.
Resumen:
Este tutorial te enseñará los conceptos fundamentales en el empleo y manejo de Bash Shell, incluyendo la creación de scripts de Bash, generación de programas con funcionalidades sencillas aplicables a bioinformática y a programación en general.
Objetivos:
En esta guía rápida aprenderás a:
Mis primeros pasos en bash.
Consultar información sobre archivos y directorios.
Permisos y como cambiarlos.
Información general sobre el Análisis de datos de RNA-Seq
Wildcards y Streams
Crear un script en Bash.
Citar y reutilizar el material del curso
Los datos del curso se pueden reutilizar y adaptar libremente con la debida atribución. Todos los datos de los cursos de estos repositorios están sujetos a la licencia Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0).
Debes tener contar con una terminal de Bash Shell en tu sistema operativo (Visita la ventana de Instalaciones y requerimientos previos)
Contar con una terminal con Git, en Windows puedes usar Git Bash.
Tema Tiempo 🔷 Sección 1 - (12:00- 13:00 h) (22 octubre) - Conceptos Unix y GNU/Linux
10 min - Mis primeros pasos en Bash
10 min - Ejercicio 1. Ubicación en repositorios
5 min - Consultar información sobre archivos y directorios
10 min - Comprimir y descomprimir archivos
5 min - Ejercicio 2. Descomprimir archivos
5 min ☕ Coffee break (10 min) - (13:00-13:10) ☕ 10 min 🔷 Sección 2 - (13:10 - 14:00 h) - Análisis de datos de RNA-Seq
20 min - Ejercicio 3. Manejando datos
10 min 🔷 Sección 3 - (12:00 - 13:00 h) (24 octubre) - Wildcards y Streams
10 min - Ejercicio 4. Wildcard
10 min - Operadores de redirección de datos I/O
10 min - Ejercicio 5. Redirección de salidas
10 min - Scripts en Bash
10 min