RNAseq_classFEB2024

Análisis de datos de RNA-Seq 👾

Instructora: Dra. Evelia Coss, Posdoc de la Dra. Alejandra Medina, LIIGH-UNAM

Clases para los alumnos de Ciencias Genomicas de 4to semestre de la ENES, Juriquilla (27 Feb - 1 Marzo 2024). Formando parte de la clase de Bioinformática y Estadística 2.

Descripción

El módulo consta de sesiones teóricas y prácticas impartidas de forma presencial, que cubrirán aspectos básicos del tópico como:

Calidad y limpieza de archivos fastq
Alineamiento y ensamblaje con el genoma de referencia usando STAR
Generación del archivo de cuentas crudas
Importar datos en R
Normalización y corrección por batch
Expresión diferencial con DESEq2 y edgeR
Análisis funcional de los genes detectados
Visualización grafica de los resultados

Se darán presentaciones detalladas del uso de programas clave, todos de código fuente abierto, usando datos tomados de las bases de datos. También se presentará el uso de algunos scripts de Bash y R muy sencillos, con el objetivo de aprender los aspectos básicos de estos lenguajes para el análisis de datos transcriptómico.

Contenido 📌

Dia 1. Aspectos generales de RNA-Seq / Control de calidad de los datos
Dia 2. Diversos pipeline para Alineamiento, ensamblaje y conteo de reads
Dia 3. Importar datos en R, Normalización y Corrección por batch / DEG con DESeq2
Dia 4. GSEA - Análisis funcional

Dia 1. Aspectos generales de RNA-Seq / Control de calidad de los datos

Fecha: martes 27 de Febrero 2024
Presentación:
Datos: /mnt/Guanina/bioinfo24/data/Clase_RNASeq2024/
Tarea: Elegir en equipos los transcriptomas que emplearán en su proyecto - Información diapositiva 58 y moodle ENES
Lecturas y cursos recomendados:

Dia 2. Diversos pipeline para Alineamiento, ensamblaje y conteo de reads

Fecha: miércoles 28 de Febrero 2024
Presentación:
- Diversos pipeline para Alineamiento, ensamblaje y conteo de reads
Lecturas y cursos recomendados:
- Alineamiento de novo - Trinity
- Alineamiento con el genoma de referencia - STAR
- Pseudoalineamiento con Kallisto
- Pseudoalineamiento con Kallisto - practica

Dia 3. Importar datos en R, Normalización y Corrección por batch effect 🪲 / DEG con DESeq2

Fecha: jueves 29 de Febrero 2024
Presentación:
- Importar datos en R, Normalización y Corrección por batch / DEG con DESeq2
Scripts: https://github.com/EveliaCoss/RNAseq_classFEB2024/tree/main/Practica_Dia3/scripts/
Lecturas y cursos recomendados:

Dia 4. GSEA - Análisis funcional

Fecha: viernes 1 de marzo 2024
Presentación:
- GSEA - Análisis funcional
Lecturas y cursos recomendados:
- Base de datos Gene Ontology Resource
- Base de datos AmiGo2
- Reducir terminos con REVIGO
- Heatmap con ComplexHeatmap - Github
- Heatmap con ComplexHeatmap - manual

Requisitos

Contar con una terminal en tu sistema operativo
Los paquetes que emplearemos en R v4.0.2, se encuentran presentes en el cluster DNA, por lo que, no es necesario instalar nada en nuestras computadoras.
Nodo de prueba (qlogin)

Pipeline ⚡

Pasos a seguir para el análisis de los datos de RNA-Seq

Script load_data_inR.R:

1) Importar datos en R (archivo de cuentas) + metadatos y 2) Crear una matriz de cuentas con todos los transcriptomas
Script DEG_analysis.R:

3) Crear el archivo dds con DESeq2, 4) Correr el análisis de Expresión Diferencial de los Genes (DEG), 5) Normalización de los datos, 6) Detección de batch effect y 7) Obtener los resultados de los contraste de DEG
Script VisualizacionDatos.R:

8) Visualización de los datos
Script GOterms_analysis.R:

9) Análisis de Terminos funcionales (GO terms)

Clase de retroalimentación (24 mayo 2024)

Clases previas 📗

Introduccion a Rmarkdown

En la clase previa les enseñe a crear reportes en Rmarkdown, si necesitan revisar la clase les dejo el link: https://github.com/EveliaCoss/RmarkdownGraphs_notes

Crear llaves y alias

También aprendimos a crear llaves (ssh-keygen) y alias para acceder a los servidores de una manera segura y rápida: https://github.com/EveliaCoss/keygen