RNAseq_classFEB2026

Análisis de datos de RNA-Seq 👾

Instructora: Dra. Evelia Coss, Posdoc de la Dra. Alejandra Medina, LIIGH-UNAM

Clases para los alumnos de Ciencias Genomicas de 4to semestre de la ENES, Juriquilla (14, 16, 21, 23, 28 y 30 abril 2026). Formando parte de la clase de Bioinformática y Estadística 2.

Descripción

El módulo consta de sesiones teóricas y prácticas impartidas de forma presencial, que cubrirán aspectos básicos del tópico como:

Se ofrecerán presentaciones detalladas sobre el uso de programas clave, todos de código abierto, utilizando datos extraídos de bases de datos. Además, se introducirá el uso de scripts sencillos en Bash y R, con el objetivo de aprender los conceptos básicos de estos lenguajes para el análisis de datos transcriptómicos.

Les comparto el plan de estudios.

Contenido 📌

Dia 1. Aspectos generales de RNA-Seq / Control de calidad de los datos

Ejemplo de entregable: Reporte

Bioproject que usaron anteriormente (NO SE PUEDEN USAR): PRJNA821620 (At), PRJNA256121 (At), PRJNA858106 (Hs), PRJNA826506 (Hs), PRJNA649971 (Mm), PRJNA743296 (Hs), PRJNA739157 (Hs), PRJNA983389 (Hs), PRJNA759864 (Hs), PRJNA152985 (Dm), PRJNA494527 (Hs), PRJNA1198988 (Hs),

Bioproject dados en cursos (NO SE PUEDEN USAR): PRJNA649971 (Mm) - RNASeq_Workshop_Nov2023 y RNAseq_classFEB2024, PRJNA821620 (At) - RNAseq_classFEB2023

Dia 2. Diversos pipeline para Alineamiento, ensamblaje y conteo de reads

Ejemplo de entregable: Reporte

Subir en la tarea de Google Classroom

Dia 3. Fuentes de error, Pipelines de Kallisto y STAR, Importación datos en R

Dia 4. Normalización y Corrección por batch effect 🪲

Dia 5. DEG con kallisto o STAR y DESeq2 / GSEA - Análisis funcional de los genes diferencialmente expresados

Requisitos

Proyectos de este semestre ⚡

Clase de retroalimentación (X 2026)

Cursos para practicar 📕

Referencias 📚