ViernesBioinfo2024

VieRnes de Bioinformática en el LIIGH-UNAM (2024) (parte 1)

Edición 2024 💜, parte 1

⭐ Objetivo

Fomentar la formación y crecimiento en bioinformática a través de cursos gratuitos para toda la comunidad interesada.

Información sobre horarios

• Viernes de 11:30 am a 1:30 pm CDMX (GMT-6), el horario puede variar unos dias dependiendo del instructor.
• Inicio: 2 de Febrero de 11:30 am a 1:30 pm.
• Clases hibridas en:
  • Aula de Bioinformatica de LIIGH
  • Google meet
• Grabación de las sesiones 📹.
• Este curso de contempla finalizar hasta julio de 2024 (6 meses).
• Los cambios en horarios se anunciaran por Discord.

Inscripción

Los cursos se imparten cada viernes, se les pide que se inscriban máximo el JUEVES A LAS 6 PM. Solicitudes recibidas posterior a este día y hora, no podrán asistir al viernes de esa semana.

Da click en el siguiente link de Google form

Para cualquier duda o problema mandar un correo con copia a los coordinadores del curso, la Dra. Evelia Coss (ecoss@liigh.unam.mx) y el Dr. Israel Aguilar (iaguilar@inmegen.gob.mx).

Entrega de Diplomas

Se otorgará un diploma a los participantes que cuenten con el 80 % de las asistencias emitido por el LIIGH-UNAM, teniendo como representante a la Dra. Maria Avila.

Instructores 👾

• Dra. Evelia Lorena Coss Navarrete (ecoss@liigh.unam.mx) - Posdoc, LIIGH - UNAM
• Dr. Israel Aguilar - Jefe de Bioinformática, INMEGEN
• Sofia Salazar - estudiante de Licenciatura en Ciencias Genomicas, ENES Juriquilla - UNAM
• LCG. Alejandra Schafer - estudiante de doctorado, LIIGH - UNAM
• Dr. Obed Ramirez - Chief Data Scientist (CDS) & Principal Investigator (PI), Solena Ag.
• Dr. Domingo Martinez - Posdoc, LIIGH - UNAM
• Dr. Shaday Guerrero - Posdoc, Centro de Ciencias Matemáticas - UNAM

NOTA: Ahora están disponibles en la página web todos los videos y materiales desde la Playlist.

Contenido 📌

• Viernes 1. Información general del curso e Introducción a R (2/Feb/2024) - Evelia Coss
• Viernes 2. Manipulación de datos con R base (vector y dataframe) (9/Feb/2024) - Evelia Coss
• Viernes 3. Manipulación de datos con R base (matrix y lista) (16/Feb/2024) - Evelia Coss
• Viernes 4. Introducción a Rmarkdown (23/Feb/2024) - Alejandra Schafer (confirmado)
• Viernes 5. Terapia de Bioinfo grupal (opcional) (1/marzo/2024) - Israel Aguilar
• Viernes 6. Manipulación de datos con funciones de R base (8/marzo/2024) - Evelia Coss
• Viernes 7. Manipulación de datos usando dplyr (15/marzo/2024) - Evelia Coss
• Viernes 8. Generación de diversos gráficos usando ggplot2 (22/marzo/2024) - Sofia Salazar
• Viernes 9. Terapia de Bioinfo grupal (opcional) (5/abril/2024) - Josue Guzman, Israel Aguilar
• Viernes 10. Manipulación de datos para crear un heatmap (ComplexHeatmap) (12/abril/2024) - Sofia Salazar
• Viernes 11. Bioestadistica (19/abril/2024) - Obed Ramirez (confirmado)
• Viernes 12. Bioestadistica (26/abril/2024) - Obed Ramirez (confirmado)
• Viernes 13. Terapia de Bioinfo grupal (opcional) (3/mayo/2024) - Israel Aguilar
• Viernes 14. Exploración de datos y elección de pruebas o modelos (17/mayo/2024) - Domingo Martinez (confirmado)
• Viernes 15. Exploración de datos y elección de pruebas o modelos (24/mayo/2024) - Domingo Martinez (confirmado)
• Viernes 16. Introducción a Python (31/mayo/2024) - Shadday Guerrero (confirmado)
• Viernes 17. Python (7/junio/2024) - Shadday Guerrero (confirmado)
• Viernes 18. Python (14/junio/2024) - Shadday Guerrero (confirmado)
• Viernes 19. Python (21/junio/2024) - Shadday Guerrero (confirmado)
• Viernes 20. Introducción a Bash (28/junio/2024) - Israel Aguilar
• Viernes 21. Introducción a Bash (5/julio/2024) - Israel Aguilar
• Viernes 12 de julio - No hay clase
• Viernes 22. Nextflow (19/julio/2024) - Israel Aguilar
• Viernes 23. Nextflow (26/julio/2024) - Israel Aguilar
• Viernes 24. Nextflow (2/agosto/2024) - Israel Aguilar

Viernes 1. Información general del curso e Introducción a R

• Fecha: Viernes 2 de febrero 2024
• Instructora: Dra. Evelia Coss
• Presentación: Introducción a R
• Grabación: Clase1
• Lecturas y cursos recomendados:
  • R for dummies
  • R for beginners
  • R para principiantes

Viernes 2. Manipulación de datos con R base (vector y dataframe)

• Fecha: Viernes 9 de febrero 2024
• Instructora: Dra. Evelia Coss
• Presentación: Manipulación de datos con R base (vector y dataframe)
• Grabación: Clase2
• Lecturas y cursos recomendados:
  • R for dummies
  • R for beginners
  • R para principiantes

Viernes 3. Manipulación de datos con R base (matrix y lista)

• Fecha: Viernes 16 de febrero 2024
• Instructora: Dra. Evelia Coss
• Presentación: Manipulación de datos con R base (matrix y lista)
• Grabación: Clase3

Viernes 4. Introducción a Rmarkdown

• Fecha: Viernes 23 de febrero 2024
• Instructora: LCG Alejandra Schafer
• Presentación: Introducción a Rmarkdown
• Grabación: Clase4

Viernes 5. Terapia de Bioinfo grupal (opcional)

• Fecha: Viernes 1 de marzo 2024
• Instructora: Dr. Israel Aguilar
• Presentación: Resolucion de problemas
• Grabación: Clase5

Viernes 6. Manipulación de datos con funciones de R base

• Fecha: Viernes 8 de marzo 2024
• Instructora: Dr. Evelia Coss
• Presentación: Manipulación de datos con funciones de R base
• Grabación: Clase6
• Script: MarvelvsDCComics_limpieza_script.R
• Output: Variables Info_data.RData

Viernes 7. Manipulación de datos usando dplyr

• Fecha: Viernes 15 de marzo 2024
• Instructora: Dr. Evelia Coss
• Presentación: Manipulación de datos usando dplyr
• Grabación: Clase7
• Script: MarvelvsDCComics_Join_script.R
• Input: Vamos a emplear el Output de la clase 6 Info_data.RData

Viernes 8. Generación de diversos gráficos usando ggplot2

• Fecha: Viernes 22 de marzo 2024
• Instructora: Sofia Salazar
• Presentación: Generación de diversos gráficos usando ggplot2
• Grabación: Clase8
• Script: script_ggplot_clase.R

Viernes 9. Terapia de Bioinfo grupal (opcional)

• Fecha: Viernes 5 de abril 2024
• Instructores: LBt Josué Guzmán Linares, Dr. Israel Aguilar
• Grabación: Clase9
• Carpeta con scripts y data: carpeta en gdrive

Viernes 10. Manipulación de datos para crear un heatmap (ComplexHeatmap)

• Fecha: Viernes 12 de abril 2024
• Instructora: Sofia Salazar
• Grabación: Clase10
• Script: * get_data.R * heatmap_clase.R
• Data: https://github.com/EveliaCoss/ViernesBioinfo2024/tree/main/Clase_Heatmaps/data
• Manual de Complexheatmap

Viernes 11 y 12. Bioestadistica parte 1

• Fecha: Viernes 19 de abril 2024
• Instructor: Dr. Obed Ramirez
• Grabación:
  • Parte 1. Clase11
  • Parte 2. Clase12

Viernes 12. Bioestadistica parte 2

• Fecha: Viernes 26 de abril 2024
• Instructor: Dr. Obed Ramirez
• Grabación: Clase12

Viernes 13. Terapia de Bioinfo grupal (opcional)

• Fecha: Viernes 3 de mayo 2024
• Instructor: Dr. Israel Aguilar
• Script: Material
• Grabación: Clase13

Viernes 14 y 15. Exploración de datos y elección de pruebas o modelos

• Fecha: Viernes 17 de mayo y 24 de mayo 2024
• Instructor: Dr. Domingo Martinez
• Grabación:
  • Clase 14
  • Clase 15
• Material:
  • Clase 14
  • Clase 14 - Presentacion
  • Clase 15

Viernes 16, 17, 18 y 19. Introducción a Python

• Fecha: Viernes 31 de mayo, 7, 14 y 21 de junio 2024
• Instructor: Dr. Shaday Guerrero
• Grabación:
  • Clase16
  • Clase17,
  • Clase18
  • Clase19
• Material:
  • Clase 16 - Plotting and Programming in Python
  • Clase 17 - Built-in Functions and Help
  • Clase 18 - plotting y listas
  • Clase 19- for loops

Viernes 20 y 21. Introducción a Bash (28 de junio y 5 de julio)

• Fecha: Viernes 28 de junio y 5 de julio 2024
• Instructor: Dr. Israel Aguilar
• Grabación:
  • Clase20
  • Clase21
• Material:
  • Instalación de una terminal de BASH (PREVIO A LA CLASE)
    • Opción A: Instalar una Máquina virtual (VM) en sus computadoras
      • Videos explicativos: https://youtu.be/Rt0agy32pFo , https://youtu.be/cInUitD6Wws
      • Manuales de instalación: Manuales De Instalación de Virtual Box y Ubuntu
    • Opción B: Instalar Git Bashy MobaXterm
      • Instalar Git Bash (seguir las instrucciones de instalación https://miguel-mx.github.io/2024-01-24-ccm-unam-swc/)
      • Instalar MobaXterm https://mobaxterm.mobatek.net/
  • Ejercicios para practicar: RegexOne
  • Presentacion:
    • Clase 21

Viernes 22, 23 y 24. Nextflow

• Fecha: Viernes 19 y 26 de julio, viernes 2 de agosto 2024
• Instructor: Dr. Israel Aguilar
• Grabación:
  • Clase22
  • Clase23
  • Clase24

Licencia y términos de uso

El material de los VieRnes de Bioinformatica se distribuye públicamente a través de este repositorio GitHub bajo la Licencia No Comercial Creative Commons 4.0.

Creative Commons Licence This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0.

Agradecimientos

Queremos agradecer al LIIGH - UNAM por el apoyo y facilidades prestadas para poder impartir estos cursos. Queremos explícitamente agradecer, de manera muy especial, a la Dra. Maria Avila, la Dra. Alejandra Medina-Rivera, Licenciada Eglee Lomelin, Jair Santiago y Luis Aguilar por su extraordinaria labor y por impulsar estos cursos para el crecimiento de todos.

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Cursos hechos con amor 💜