3 Acerca del conjunto de datos (GSE149689)
3.1 Descripción de los datos
Este conjunto de datos consiste en perfiles de secuenciación de RNA de célula única (scRNA-seq) obtenidos de células mononucleares de sangre periférica (PBMCs) de pacientes con influenza grave, pacientes con COVID-19 con distintos grados de severidad, y controles sanos.
Pacientes hospitalizados diagnosticados con infección por virus de influenza A mediante una prueba rápida de antígeno en un hisopado nasofaríngeo también fueron incluidos en el estudio en el Asan Medical Center y el Chungbuk National University Hospital entre diciembre de 2015 y abril de 2016, antes de la aparición de COVID-19. Las características clínicas de los pacientes, hallazgos de laboratorio y radiografías de tórax fueron recopilados de sus expedientes médicos electrónicos en cada hospital.
| Tema | Descripción |
|---|---|
| Estado | Público desde el 06 de julio de 2020 |
| Acceso | BioProject: PRJNA629752; GEO: GSE149689 |
| Título | Inmunofenotipificación de COVID-19 e Influenza subraya la asociación de la respuesta de IFN tipo I en COVID-19 grave |
| Especie | Homo sapiens |
| Tipo de experimento | Perfil de expresión mediante secuenciación de alto rendimiento |
| Resumen |
Aunque la mayoría de los individuos infectados por SARS-CoV-2 presentan COVID-19 leve, algunos pacientes desarrollan COVID-19 grave, acompañado de síndrome de dificultad respiratoria aguda e inflamación sistémica. Para identificar los factores que impulsan la progresión severa de COVID-19, se realizó scRNA-seq utilizando células mononucleares de sangre periférica (PBMCs) obtenidas de donadores sanos, pacientes con COVID-19 leve o grave, y pacientes con influenza grave. Los pacientes con COVID-19 mostraron firmas hiper-inflamatorias en todos los tipos celulares de PBMCs, particularmente una sobrerregulación de la respuesta inflamatoria mediada por TNF/IL-1β en comparación con influenza grave. En los monocitos clásicos de pacientes con COVID-19 grave, la respuesta de IFN tipo I coexistió con la inflamación mediada por TNF/IL-1β, lo cual no se observó en pacientes con COVID-19 leve. Con base en esto, se propone que la respuesta de IFN tipo I exacerba la inflamación en pacientes con infección grave por COVID-19. |
3.2 Diseño experimental
Este estudio se realizó utilizando secuenciación de RNA de célula única (scRNA-seq) en células mononucleares de sangre periférica (PBMCs) de tres grupos:
- 5 pacientes con influenza grave
- 11 pacientes con COVID-19 (con distintos grados de severidad: grave y leve)
- 4 controles sanos (no infectados)
Este diseño permitió una comparación directa de las respuestas inmunitarias entre influenza y COVID-19, así como la identificación de características asociadas con la progresión hacia formas graves de COVID-19.
| Tema | Descripción |
|---|---|
| Tipos celulares | PBMCs (células mononucleares de sangre periférica) |
| Química | Chromium Single Cell 3’ |
| Plataforma | 10x Genomics |
| Secuenciador | Illumina NovaSeq 6000 |
| Genoma usado para el alineamiento | GRCh38 / hg38 |
| Versión de Cell Ranger | v3.0.2 se utilizó para el preprocesamiento y alineamiento. |