3 Sobre o conjunto de dados (GSE149689)
3.1 Descrição dos dados
Este conjunto de dados consiste em perfis de sequenciamento de RNA de célula única (scRNA-seq) obtidos de células mononucleares do sangue periférico (PBMCs) de pacientes com influenza grave, pacientes com COVID-19 com diferentes graus de severidade e controles saudáveis.
Pacientes hospitalizados diagnosticados com infecção pelo vírus Influenza A por meio de um teste rápido de antígeno em swab nasofaríngeo também foram incluídos no estudo no Asan Medical Center e no Chungbuk National University Hospital entre dezembro de 2015 e abril de 2016, antes do surgimento da COVID-19. As características clínicas dos pacientes, resultados laboratoriais e radiografias de tórax foram coletados de seus prontuários eletrônicos em cada hospital.
| Tópico | Descrição |
|---|---|
| Status | Público desde 06 de julho de 2020 |
| Acesso | BioProject: PRJNA629752; GEO: GSE149689 |
| Título | Imunofenotipagem de COVID-19 e Influenza destaca a associação da resposta de IFN tipo I na COVID-19 grave |
| Organismo | Homo sapiens |
| Tipo de experimento | Perfil de expressão por sequenciamento de alto rendimento |
| Resumo |
Embora a maioria dos indivíduos infectados pelo SARS-CoV-2 apresente COVID-19 leve, alguns pacientes desenvolvem COVID-19 grave, acompanhado de síndrome do desconforto respiratório agudo e inflamação sistêmica. Para identificar os fatores que impulsionam a progressão severa da COVID-19, foi realizado scRNA-seq utilizando células mononucleares do sangue periférico (PBMCs) obtidas de doadores saudáveis, pacientes com COVID-19 leve ou grave e pacientes com influenza grave. Os pacientes com COVID-19 exibiram assinaturas hiper-inflamatórias em todos os tipos celulares das PBMCs, particularmente uma super-regulação da resposta inflamatória mediada por TNF/IL-1β em comparação com influenza grave. Nos monócitos clássicos de pacientes com COVID-19 grave, a resposta de IFN tipo I coexistiu com a inflamação mediada por TNF/IL-1β, o que não foi observado em pacientes com COVID-19 leve. Com base nisso, propõe-se que a resposta de IFN tipo I exacerba a inflamação em pacientes com infecção grave por COVID-19. |
3.2 Desenho experimental
Este estudo foi realizado utilizando sequenciamento de RNA de célula única (scRNA-seq) em células mononucleares do sangue periférico (PBMCs) de três grupos:
- 5 pacientes com influenza grave
- 11 pacientes com COVID-19 (com diferentes graus de severidade: grave e leve)
- 4 controles saudáveis (não infectados)
Este desenho permitiu uma comparação direta das respostas imunológicas entre influenza e COVID-19, bem como a identificação de características associadas à progressão para formas graves de COVID-19.
| Tópico | Descrição |
|---|---|
| Tipos celulares | PBMCs (células mononucleares do sangue periférico) |
| Química | Chromium Single Cell 3’ |
| Plataformas | 10x Genomics |
| Sequenciador | Illumina NovaSeq 6000 |
| Genoma usado para o alinhamento | GRCh38 / hg38 |
| Versão do Cell Ranger | v3.0.2 was used for preprocessing and alignment. |