3  Mis primeros pasos en Bash

3.1 Entorno de Bash

El signo $ es un prompt, que nos muestra que la terminal está esperando una entrada; tu terminal puede usar un carácter diferente como prompt y puede agregar información antes de él. Al teclear comandos, ya sea a partir de estas lecciones o de otras fuentes, no escribas el prompt ($), sólo los comandos que le siguen.

3.2 Preparación del directorio de trabajo

  • Ruta / Camino absoluto

    cd /home/usuario/data/

  • Ruta / Camino relativo

    cd ../ # Ir a la carpeta anterior
Note

NOTA 1: Si das cd y no indicas una ruta absoluta, te llevara al Directorio Raiz (~).

NOTA 2: Puedes usar la tecla TAB para completar el nombre de la carpeta. En caso de que tengas más de dos carpetas que inicien igual, tendrás que terminar de completar el nombre.

3.3 Conocer mi dirección / ubicación

Averiguemos dónde estamos, ejecutando el comando pwd (que significa “imprime directorio de trabajo” - “print working directory”). En cualquier momento, nuestro directorio actual es nuestro directorio predeterminado, es decir, el directorio que la computadora supone queremos ejecutar comandos a menos que especifiquemos explícitamente otra cosa. En este caso la respuesta de la computadora es /Users/nelle, el cual es el directorio de inicio de Nelle, también conocido como su directorio home:

pwd # /c/Users/ecoss

En la computadora de Evelia, el sistema de archivos se ve así:

En la parte superior está el directorio raíz o root que contiene todo lo demás. Nos referimos a este directorio usando un caracter de barra / por si solo; esta es la barra al inicio de /Users/ecoss.

Dentro de ese directorio hay otros directorios: bin (que es donde se almacenan algunos programas preinstalados), data (para archivos de datos diversos), Users (donde se encuentran los directorios personales de los usuarios), tmp (para archivos temporales que no necesitan ser almacenados a largo plazo), etcétera.

Ejercicio 1

A partir de /Users/ecoss/data/, ¿Cuál de los siguientes comandos podría Amanda usar para navegar a su directorio de inicio, que es /Users/ecoss?

  1. cd .

  2. cd /

  3. cd /home/amanda

  4. cd ../..

  5. cd ~

  6. cd home

  7. cd ~/data/..

  8. cd

  9. cd ..

    1. No: . significa el directorio actual.

    2. No: / significa el directorio raíz.

    3. No: El directorio home de Amanda es /Users/amanda.

    4. No: sube dos niveles, es decir termina en /Users.

    5. Sí: ~ significa el directorio home del usuario, en este caso /Users/amanda.

    6. No: esto navegaría a un directorio home en el directorio actual, si existe.

    7. Sí: innecesariamente complicado, pero correcto.

    8. Sí: un atajo para volver al directorio home del usuario.

    9. Sí: sube un nivel.

Ejemplo de rutas:

3.4 Comandos básicos

Comandos Información Argumentos
ssh Conexión a servidores ssh usuario@servidor.mx
ls Observar el contenido de los archivos en una carpeta ls directorio/
cd Moverse de directorios cd /home/usuario/data/
mkdir Crear un nuevo directorio mkdir data
rmdir Eliminar el directorio rmkdir -rf data
nano / vim Editores de texto plano nano Archivo.txt / vim Archivo.txt
cp Copiar archivos cp Archivo1.txt /home/usuario/data/
mv Mover un archivo o carpeta
echo Para llamar y/o declarar variables echo “Hello world”
chmod Cambiar permisos del usuario chmod 777 data/
rsync Descargar o subir archivos
scp Descargar o subir archivos
cat Visualizar contenido de un archivo. Escribe el contenido del archivo de manera secuencial a la salida estándar, a la ventana de Terminal.
less Leer contenido de un archivo sin interrumpir la pantalla de Terminal. Similar a Vim pero sin opción para escribir. Se sale del modo visualización con q.
find Busca archivos en un directorio específico.
head Visualizar primeras líneas de un archivo.
tail Visualizar últimas líneas de un archivo.
which Indica el directorio donde se encuentra un particular comando o programa que se haya podido encontrar usando los directorios guardados en la variable de estado PATH. which bash
Ayuda de funciones

Puedes consultar mas información usando ls --help

3.5 Consultar información sobre archivos y directorios

3.5.1 Información contenida

Cada columna en la salida anterior tiene un significado:

3.5.2 Permisos

Cada usuario tiene permisos diferentes cuando crea un archivo. Los permisos pueden modificarse con chmod.

Los caracteres atribuidos a los permisos son:

  • r : escritura (Read)

  • w : lectura (Write)

  • x : ejecución (eXecute)

En el siguiente ejemplo, el usuario cuenta con todos los permisos activos, mientras que el grupo y otros tienen solo permisos de lectura y ejecución.

3.6 chmod: Cambiar permisos

La representación octal de chmod es muy sencilla

  • r = Lectura tiene el valor de 4

  • w = Escritura tiene el valor de 2

  • x = Ejecución tiene el valor de 1

Permisos Valor Significado
rwx 7 Lectura, escritura y ejecución
rw- 6 Lectura, escritura
r-x 5 Lectura y ejecución
r-- 4 Lectura
-wx 3 Escritura y ejecución
-w- 2 Escritura
--x 1 Ejecución
--- 0 Sin permisos

Por lo tanto:

Forma larga Forma Octal
chmod u=rwx,g=rwx,o=rx chmod 775
chmod u=rwx,g=rx,o= chmod 760
chmod u=rw,g=r,o=r chmod 644
chmod u=rw,g=r,o= chmod 640
chmod u=rw,go= chmod 600
chmod u=rwx,go= chmod 700

3.7 Comprimir y descomprimir archivos

Los archivos pueden contener diversos tipos de extensiones, dependiendo del objetivo será necesario descomprimirlos y en otros dejarlos comprimidos para no abarcar tanto espacio en tu espacio de trabajo. 

Tipo de archivo Comprimir Descomprimir
Carpeta.tar tar -cvf carpeta.tar /dir/a/comprimir/carpeta tar -xvf carpeta.tar
Carpeta.tar.gz tar -czvf carpeta.tar.gz /carpeta/a/empaquetar/carpeta tar -zxvf carpeta.tar.gz
Carpeta.gz gzip -9 carpeta.gz carpeta/a/empaquetar/carpeta gunzip -kd carpeta.gz
Carpeta.zip zip -r carpeta.zip carpeta unzip carpeta.zip
Ejercicio 2
  1. Descarga todo el repositorio comprimido unix.bioinfo.rsgecuador en tu computadora. El archivo se almacenara con la extension (.ZIP).
  2. Colocate en la carpeta donde se encuentra el archivo. Ejemplo en mi computadora: cd "C:/Users/ecoss/Documents/Respaldos/Github_notes/Workshop_Bash2024/data"
  3. Descomprime el archivo ZIP. unzip unix.bioinfo.rsgecuador-gh-pages.zip

3.8 Material suplementario