Workshop_scRNAseq_presentacion

Workshop de scRNA-seq 👾

Instructora: Dra. Evelia Coss, Posdoc del Dr. Federico Sánchez, LIIGH-UNAM

Clases para los alumnos de Maestría y Doctorado de X, Ciencias Genomicas de 6to semestre de la ENES, Juriquilla.

Optativa X.

Descripción

Este módulo consta de sesiones teóricas y prácticas impartidas de forma híbrida, que cubrirán aspectos básicos del tópico como:

– Por llenar

Se ofrecerán presentaciones detalladas sobre el uso de programas clave, todos de código abierto, utilizando datos extraídos de bases de datos. Además, se introducirá el uso de scripts sencillos en Bash y R, con el objetivo de aprender los conceptos básicos de estos lenguajes para el análisis de datos transcriptómicos.

Les comparto el plan de estudios.

Contenido 📌

Clase 1: Introducción a RNA-seq de célula única (scRNA-seq) y control de calidad

Clase 2. Control de calidad y Normalización con Seurat

Clase 3. Selección de genes altamente variables, Reducción de dimensiones y clustering

Clase 4. Identificación de genes marcadores y Anotación de tipos celulares

Clase 5. Expresión diferencial por condiciones

Clase 6. Inferencia de trayectorias y Comunicación celular (CellChat)