1 Repaso: scRNA-seq vs bulk-RNA-seq
-
Bulk RNA-seq: mide expresión promedio en un tejido; útil para detectar cambios globales, pero oculta heterogeneidad celular.
- Insuficiente para: estudios de desarrollo temprano o tejidos complejos como el cerebro.
1.1 Single cell RNA-seq (scRNA-seq)
- Primera publicación en 2009 (Tang et al, 2009)
- Popularidad en 2014
- Estimar la distribución de los niveles de expresión de cada gen en una población celular.
- Análisis a nivel de célula individual
- Permite revelar tipos celulares (poblaciones raras)
- Analizar las dinámicas temporales y heterogeneidad.
1.2 Heterogeneidad: Diversidad interna de un sistema o de un conjunto
🔬 No todas las células son iguales: incluso dentro de un mismo tejido, existen diferencias en tipos celulares, estados funcionales y niveles de expresión génica.
🧬 Variabilidad genética y transcriptómica: cada célula puede expresar distintos genes o cantidades de RNA, reflejando funciones específicas.
🩺 Relevancia en enfermedad: la heterogeneidad celular explica por qué un tumor, por ejemplo, contiene subpoblaciones con distintos comportamientos (algunas más agresivas, otras más sensibles a tratamiento).
Visualización a través de UMAP (Uniform Manifold Approximation and Projection):
1.3 Preguntas que se pueden responde scRNA-seq
- Descubrir tipos celulares nuevos o raros.
- Identificar composición celular diferencial entre sano vs. enfermo.
- Comprender la diferenciación celular en desarrollo y regeneración.
- Analizar plasticidad y dinámicas de expresión en células individuales.
- Construir atlas celulares/genéticos → catálogo completo de diversidad celular.
- Aplicaciones en investigación básica y medicina personalizada.
1.4 Flujo experimental de scRNA-Seq
