Registro de cambios

GeneExprLupusMx (versión en desarrollo)

Paquete más ligero

• Los tres objetos más grandes (filtered_txi, dds y zscore_mat) ya no se instalan con el paquete. Están como archivos del release v0.1.0 de GitHub, y la nueva función download_data() los descarga la primera vez que se usan y después lee la copia guardada. El paquete ahora requiere R >= 4.0.
• Solo las guías de “Primeros pasos” (intro_es, intro_en) se instalan como viñetas. Las lecciones, la guía de funciones y la página de descarga de datos ahora están solo en la página web.
• Figuras más ligeras; se quitaron el logo y overview.png, que no se usaban.

Funciones

• Nueva función download_data() para obtener filtered_txi, dds y zscore_mat.
• processGO() y Reduce_GOTerm() ahora se llaman process_go() y reduce_go_terms(), para que todas las funciones sigan el mismo estilo (snake_case). Los nombres anteriores siguen funcionando, pero están obsoletos y muestran una advertencia.

Sitio web

• Nueva sección “Shinyapp” en el README y la barra lateral del inicio, con el enlace a la Shinyapp de GeneExprLupusMx (por ahora, solo en español).

GeneExprLupusMx 0.1.0

Primera versión pública de GeneExprLupusMx, archivada en Zenodo.

Lecciones

• Ruta de aprendizaje con siete lecciones que reproducen las figuras del artículo, más una guía de primeros pasos, en español (*_es) e inglés (*_en):
  • intro: primeros pasos con el paquete.
  • clinical (Lección 1): estadística descriptiva, Tabla 1 y Figura S3.
  • intro_RNAseq (Lección 2): importación, normalización, heatmaps y PCA; Figura S2.
  • l3_DEGs (Lección 3): expresión diferencial SLE vs Ctrl; Figura 2.
  • l4_GOterms (Lección 4): enriquecimiento funcional con g:Profiler; Figuras 3 y S4, pruebas hipergeométrica y exacta de Fisher del enriquecimiento de ISG, y correlación de Spearman entre los ISG y el SLEDAI (tablas suplementarias).
  • l5_DEGs_monocytes_diff (Lección 5): diferenciación de monocitos a células dendríticas; Figuras 4 y 5.
  • l6_DEGs_tolDcs (Lección 6): firma transcripcional de las tolDC; Figura 6, y genes concordantes y divergentes con la firma de Robertson et al.
  • l7_DEGs_between_groups (Lección 7): modelo con interacción Group:Cell_type; Figuras 7A y 7B, y figura suplementaria de trayectorias de expresión de los DEG de interacción.
• Guía de cómo usar las funciones del paquete (functions_es, functions_en), con ejemplos reales de get_heatmap_mat(), create_heatmap(), processGO() y Reduce_GOTerm().
• La lección 7 termina con una figura ilustrativa que resume los hallazgos de la ruta de aprendizaje.
• Páginas de descarga de datos en español e inglés (download_es, download_en).
• Cada lección abre con una imagen ilustrativa de resumen (después del glosario), en español e inglés: datos de entrada, los pasos de la lección con sus figuras reales, hallazgos clave y checkpoints.
• Cada lección incluye glosario, mapa de la lección, retos con solución, pies de figura y de tabla con valores calculados en el código y botones de navegación por idioma.
• Lecciones homogeneizadas: mismo formato de pasos, glosario unificado, prerrequisitos con títulos completos y pies en todas las figuras y tablas (incluida la Tabla 1).

Datos

• Nuevos datos de referencia: volunteer_info, biotype_summary, sle_genes, isg_genes, moDC_genes, dc_genes, tolDC_genes.
• Nuevos checkpoints entre lecciones: dds, zscore_mat, de_results, go_results, de_celltype_results, go_celltype_results, de_interaction_results, go_interaction_results.
• Scripts en data-raw/ para regenerar cada objeto (g:Profiler archivado, versión e113).
• Documentación corregida de filtered_txi y metadata_cleaned.

Funciones

• get_heatmap_mat(), create_heatmap() (rasterización desactivada por defecto), processGO() y Reduce_GOTerm().

Sitio web y documentación

• Nueva página de inicio (index.Rmd) con la imagen Overview y la tabla de lecciones.
• README bilingüe (español e inglés).
• Registro de cambios en español (esta página) e inglés (NEWS.md).
• Archivo inst/CITATION: citation("GeneExprLupusMx") devuelve la cita del paquete; las citas de los datos (artículo y dataset de Zenodo) están en las secciones de citas del sitio y del README. El DOI de Zenodo del paquete está pendiente.
• Menús de pkgdown: Getting started, Tutoriales (lecciones en español e inglés), Funciones, descarga de datos y registro de cambios; botones de navegación con letras blancas.